系统生物学迭代网络构建工具
rxnconcompiler的Python项目详细描述
rxnconcompiler是一个用于系统生物学的迭代网络构建工具。
马格达莱娜·罗瑟、塞巴斯蒂安·蒂姆、乌尔里克·穆恩斯纳和马库斯·兰茨
用法
获取帮助：
python interface.py-h
生成bngl文件：
python interface.py'a_ppi_b；！a–c'[-o output_file.name]
生成json文件：
python interface.py'a_ppi_b；！a–c'–json[-o output_file.name]
使用rxncon快速文本生成文件：
python interface.py'a_ppi_b；！a–c'–json[-o output_file.name]
法律免责声明
rxnconcompiler是在gpl许可下发布的，其副本 包含在分发内容中（有关详细信息，请参见复制）。
本软件按“原样”提供。没有明示或暗示 任何类型的保证，包括但不限于 对给定应用程序的适销性和适用性。无论如何 作者对任何直接的，间接的，偶然的，特殊的， 惩戒性或后果性损害（包括但不限于损失 使用、数据或利润，或业务中断），无论是什么原因引起的 任何责任理论，无论是合同责任、严格责任还是侵权责任 （包括疏忽或其他）因使用而引起的 即使被告知有可能造成这种损害。
作者对该程序造成的损害不承担任何责任 或其组成部分。
credits
magdalena rother-架构和单元测试及实现
sebastian thieme-模型验证和测试
falko krause-rxncon_parser.py（由mr修改）
ulrike muenzner-对概念的贡献
marcus krantz-概念和监督
确认
我们的同事法尔科·克劳斯，麦克斯·弗洛特曼， 大卫·杰辛豪斯和贾妮娜·林尼克的评论， 开发过程中的想法和支持。
引用
Magdalena Rother、Ulrike Muenzner、Sebastian Thieme和Marcus Krantz
信号转导中的信息含量与可扩展性 网络重建格式。分子生物系统， doi:10.1039/c3Mb00005B（2013年）
用于开发人员
使用存储库版本时，请修改~/.bashrc:
pythonpath=$pythonpath:/path/to/main/rxncompiler/： /路径/to/rxncompiler/tests/ 导出pythonpath
为了能够用bionetgen进行验收测试， 安装bionetgen软件并添加到~/.bashrc： bng_path=/path/to/bionetgen-2.2.2-稳定/ 导出bng_路径
类责任协作文档：
doc/u statis/rxncompiler.txt
发布：
git tag-a v1.2.0-m'读写json，cli添加了'
Git Push–标签
python setup.py sdist
python setup.py sdist upload（将包发送到pypi）
使用sphinx生成文档：
安装SPXNX
python setup.py文档
CD文档
制作HTML（index.html在docs/u build/index.html中）
测试和覆盖范围：
python setup.py测试（计算覆盖率）
或
CD测试
python test_all.py
虚拟环境的使用：
pip安装virtualenv
virtualenv venv_rxncon
source venv_rxncon/bin/激活
（venv_rxncon）pip安装xlrd
（venv_rxncon）pip安装pyscaffold
（venv_rxncon）pip安装sphinx
（venv_rxncon）PIP冻结
（venv_rxnco）CD rxnco编译器
（venv_rxncon）python setup.py测试
欢迎加入QQ群-->： 979659372
