rosetta_dev_tools 1.1.0

安装

这些工具可从pypi获得，因此您可以使用pip安装它们。是 不过，一定要使用与python3关联的pip，因为默认情况下 pip通常与python2关联，并且不会与这些关联 工具：

$ pip3 install rosetta_dev_tools

这将在^{tt6}中安装少量可执行脚本$ 目录pip已配置为使用。这些剧本有很长的名字， 所以我通常把它们化名为短一点的，这样打字就更方便了 方便。例如，将这些行放入~/.bashrc：

alias rk='rdt_stub'
alias rb='rdt_build debug'
alias rr='rdt_build release'
alias ru='rdt_unit_test'
alias rd='rdt_doxygen'

如果要在qb3集群上安装这些工具，必须使用 多走几步。首先，集群没有安装pip，因此 必须克隆此存储库并手动运行setup.py。第二，你有 在交互节点上（例如iqint）或git克隆将不起作用。第三， 默认情况下，集群不提供python3，因此必须 使用scl enable python33命令显式启用它：

$ ssh iqint
$ git clone git@github.com:Kortemme-Lab/rosetta_dev_tools.git
$ cd rosetta_dev_tools
$ scl enable python33 'python setup.py build'
$ scl enable python33 'python setup.py install --user'

您还必须在每次需要时使用scl enable python33命令 要使用这些工具中的任何一个，只需将它们封装在函数中就很容易了。 例如，将这些行放入~/.bashrc：

function rb {} (
    scl enable python33 'rdt_build debug $*'
}
function rr {} (
    scl enable python33 'rdt_build release $*'
}

填充样板

要为新移动器创建所有样板文件，请运行以下命令 命令：

$ rk mover protocols::moves::MyMover

此命令将创建新的*.fwd.hh，*.hh，*Creator.hh，*.cc， 以及*.cxxtest.hh文件。它还将把移动器添加到相关的 *.src.settings和*.test.settings文件，它将注册 移动器输入init.MoverCreators.ihh和init.MoverRegistrators.ihh。什么时候？ 命令完成后，您的新类将完全准备好编译。

第一个参数指定要生成的文件类型，第二个参数指定 参数指定新类的名称。第二个论点没有 成为一个完全限定名（即，它不必包含名称空间）。如果 如果不指定命名空间，则会自动从 当前工作目录。所以上面的命令可以缩写成so:

$ cd $rosetta/source/src/protocols/moves
$ rk mover MyMover

这个命令还有一个方便的--dry-run选项，可以用来查看 在存根文件实际写入磁盘之前生成的存根文件。

编译rosetta

要在调试模式下构建rosetta，只需在 您对罗塞塔的结帐：

$ rb

要在发布模式下构建，请改用以下别名：

$ rr

这些别名要求安装ninja或make。大多数 默认情况下，系统将安装make，因此您不必担心 关于这个。但是，如果两个生成工具都已安装，则首选ninja。 因为它更快更简洁。

运行单元测试

要编译和运行单元测试套件，请使用以下命令作为模板：

$ ru protocols MyUnitTest

第一个论点是单元测试所属的库，通常 是protocols。第二个参数是要运行的测试套件的名称 （即*.cxxtest.hh文件中类的名称）。你也可以 指定第三个参数以仅运行一个特定测试用例（即一个 test_*()来自该类的方法）。

一旦您使用上述命令运行了单元测试，就可以使用 该命令的缩写版本，以便再次运行相同的测试：

$ ru

该命令将重新运行上次运行的单元测试。也有可能 将名称分配给常用的测试，以便您可以在很少的时间内运行它们 尽可能地按键：

$ ru protocols MyOtherUnitTest -s other
$ ru other

编写文档

要为当前所在的目录生成doxygen文档， 运行以下命令：

$ rd

这将生成文档并自动以新的 firefox窗口。