临床试验报告数据的自动提取
robotreviewer的Python项目详细描述
#robotreviewer
从临床试验报告中自动提取数据
一个用python编写的简单web服务器，它接受临床试验（纯文本/json格式），并返回偏见判断的风险。
[DOI]（https://zenodo.org/badge/15498/ijmarshall/robotreviewer.svg）；（https://zenodo.org/badge/latestdoi/15498/ijmarshall/robotreviewer）
\
此软件是*Web服务*版本，这意味着它面向制作系统评测软件的用户。
**对于大多数系统评测作者来说，如果你想试用RobotReviewer，最好使用我们网站上的演示版本，可在[此处]（https://robot-reviewer.vortext.systems）。**如果您喜欢，您可以向维护您的系统审查软件的人发送电子邮件，链接到此站点-他们可能会有兴趣添加它。
（或者，熟练从终端安装Unix软件的个人作者可以免费使用INS按照下面可选的"Web UI"说明在自己的计算机上安装此版本）。
您也可以免费使用RobotReviewer，但必须满足以下条件：
1。在显示RobotReviewer结果（突出显示的文本或偏见判断风险）的同一屏幕或网页上显示文本"RobotReviewer的偏见自动化风险（[如何引用]（http://vortext.systems/RobotReviewer））。
2。对于基于web的工具，文本"how to cite"应该链接到我们的网站"http://vortext.systems/robotreviewer`
3。对于桌面软件，通常应该链接到同一个网站。如果这不可能，您可以交替显示下面"如何引用Robotreviewer"部分的文本和示例引文。
\how to cite Robotreviewer
我们是学者，靠链接和引用茁壮成长！
让robotreviewer得到广泛的应用和引用，有助于我们获得资金来维护项目，并使robotreviewer变得更好。
它还使您的方法对您的读者透明，而且我们更希望看到robotreviewer在哪里使用！：）
Robotreviewer：临床试验偏倚自动评估系统的评估。2015年美国医学信息学协会杂志。[doi:10.1093/jamia/ocv044]（http://dx.doi.org/10.1093/jamia/ocv044）
乳胶使用者的bibtex条目是
@文章{robotreviewer2015，
标题{{robotreviewer:临床试验中自动评估偏倚系统的评估}，
作者{marshall，iainj和kuiper，jo'{e}l和wallace，byron c}，
doi={10.1093/jamia/ocv044}，
url={http://dx.doi.org/10.1093/jamia/ocv044}，
journal={journal of the american medical informatics association}，
year={2015}
month=jun，
pages={ocv044}
}
e nltk
您可以通过传递"debug=true python robot.py"以开发模式运行服务器，该命令将尝试实时代码重新加载。
\通过运行以下命令：
``bash
git子模块update--init--recursive
python robot.py
````
这将检索前端代码，并运行服务器。
lia"：[
{"title"："随机序列生成"，
"type"："偏倚风险"，
"description"："**偏倚预测的总体风险**：低"，
"注释"，[
{"content"："中心药房使用计算机生成的rando以1:1的比例随机分配研究药物具有可变大小块的优化序列，大小从2到8，按研究地点分层。"，
"uuid"："6e97f8d0-2970-11e5-b5fe-0242ac110006"
}，…
`````
但是，可以很容易地从现有的python代码直接调用当前代码，如下所示：
`` python
从robotreviewer根目录导入biasrobottate（文本）
```
biasrobot.annotate（）方法返回与上面的json示例结构相同的"marginalia"dict。
我们的技术咨询公司[vortext]（http://vortext.systems/）可以帮助您让RobotReviewer在您的服务器上运行，或者提供完全管理的RobotReviewer云实例；[联系我们]（http://vortext.systems/hire-us/）了解详细信息。
Marshall，I.J.，Kuiper，J.，&Wallace，B.C.（2015年）。Robotreviewer：临床试验偏倚自动评估系统的评估。美国医学信息学协会杂志。[[doi]]（http://dx.doi.org/10.1093/jamia/ocv044）
2.Marshall，I.，Kuiper，J.，&Wallace，B.（2015年）。临床试验偏倚评估的自动化风险。生物医学与健康信息学杂志。[[doi]]（http://dx.doi.org/10.1109/jbhi.2015.2431314）
3.Kuiper，J.，Marshall，I.J.，Wallace，B.C.，和Swertz，M.A.（2014年）。sp a：循证医学中基于web的文本挖掘查看器。《欧洲机器学习与数据库知识发现原理与实践会议记录》（ECML-PKDD 2014）（第8726卷，第452-455页）。斯普林格柏林海德堡。[[doi]]（http://dx.doi.org/10.1007/978-3-662-44845-8_33）
4。Marshall，I.J.，Kuiper，J.，&Wallace，B.C.（2014年）。临床试验偏倚评估的自动化风险。在ACM生物信息学、计算生物学和健康信息学会议记录（ACM-BCB）（第88-95页）。ACM。[[doi]]（http://dx.doi.org/10.1145/2649387.2649406）
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从临床试验报告中自动提取数据
一个用python编写的简单web服务器，它接受临床试验（纯文本/json格式），并返回偏见判断的风险。
[DOI]（https://zenodo.org/badge/15498/ijmarshall/robotreviewer.svg）；（https://zenodo.org/badge/latestdoi/15498/ijmarshall/robotreviewer）
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此软件是*Web服务*版本，这意味着它面向制作系统评测软件的用户。
**对于大多数系统评测作者来说，如果你想试用RobotReviewer，最好使用我们网站上的演示版本，可在[此处]（https://robot-reviewer.vortext.systems）。**如果您喜欢，您可以向维护您的系统审查软件的人发送电子邮件，链接到此站点-他们可能会有兴趣添加它。
（或者，熟练从终端安装Unix软件的个人作者可以免费使用INS按照下面可选的"Web UI"说明在自己的计算机上安装此版本）。
您也可以免费使用RobotReviewer，但必须满足以下条件：
1。在显示RobotReviewer结果（突出显示的文本或偏见判断风险）的同一屏幕或网页上显示文本"RobotReviewer的偏见自动化风险（[如何引用]（http://vortext.systems/RobotReviewer））。
2。对于基于web的工具，文本"how to cite"应该链接到我们的网站"http://vortext.systems/robotreviewer`
3。对于桌面软件，通常应该链接到同一个网站。如果这不可能，您可以交替显示下面"如何引用Robotreviewer"部分的文本和示例引文。
\how to cite Robotreviewer
我们是学者，靠链接和引用茁壮成长！
让robotreviewer得到广泛的应用和引用，有助于我们获得资金来维护项目，并使robotreviewer变得更好。
它还使您的方法对您的读者透明，而且我们更希望看到robotreviewer在哪里使用！：）
Robotreviewer：临床试验偏倚自动评估系统的评估。2015年美国医学信息学协会杂志。[doi:10.1093/jamia/ocv044]（http://dx.doi.org/10.1093/jamia/ocv044）
乳胶使用者的bibtex条目是
@文章{robotreviewer2015，
标题{{robotreviewer:临床试验中自动评估偏倚系统的评估}，
作者{marshall，iainj和kuiper，jo'{e}l和wallace，byron c}，
doi={10.1093/jamia/ocv044}，
url={http://dx.doi.org/10.1093/jamia/ocv044}，
journal={journal of the american medical informatics association}，
year={2015}
month=jun，
pages={ocv044}
}
e nltk
您可以通过传递"debug=true python robot.py"以开发模式运行服务器，该命令将尝试实时代码重新加载。
\通过运行以下命令：
``bash
git子模块update--init--recursive
python robot.py
````
这将检索前端代码，并运行服务器。
lia"：[
{"title"："随机序列生成"，
"type"："偏倚风险"，
"description"："**偏倚预测的总体风险**：低"，
"注释"，[
{"content"："中心药房使用计算机生成的rando以1:1的比例随机分配研究药物具有可变大小块的优化序列，大小从2到8，按研究地点分层。"，
"uuid"："6e97f8d0-2970-11e5-b5fe-0242ac110006"
}，…
`````
但是，可以很容易地从现有的python代码直接调用当前代码，如下所示：
`` python
从robotreviewer根目录导入biasrobottate（文本）
```
biasrobot.annotate（）方法返回与上面的json示例结构相同的"marginalia"dict。
我们的技术咨询公司[vortext]（http://vortext.systems/）可以帮助您让RobotReviewer在您的服务器上运行，或者提供完全管理的RobotReviewer云实例；[联系我们]（http://vortext.systems/hire-us/）了解详细信息。
Marshall，I.J.，Kuiper，J.，&Wallace，B.C.（2015年）。Robotreviewer：临床试验偏倚自动评估系统的评估。美国医学信息学协会杂志。[[doi]]（http://dx.doi.org/10.1093/jamia/ocv044）
2.Marshall，I.，Kuiper，J.，&Wallace，B.（2015年）。临床试验偏倚评估的自动化风险。生物医学与健康信息学杂志。[[doi]]（http://dx.doi.org/10.1109/jbhi.2015.2431314）
3.Kuiper，J.，Marshall，I.J.，Wallace，B.C.，和Swertz，M.A.（2014年）。sp a：循证医学中基于web的文本挖掘查看器。《欧洲机器学习与数据库知识发现原理与实践会议记录》（ECML-PKDD 2014）（第8726卷，第452-455页）。斯普林格柏林海德堡。[[doi]]（http://dx.doi.org/10.1007/978-3-662-44845-8_33）
4。Marshall，I.J.，Kuiper，J.，&Wallace，B.C.（2014年）。临床试验偏倚评估的自动化风险。在ACM生物信息学、计算生物学和健康信息学会议记录（ACM-BCB）（第88-95页）。ACM。[[doi]]（http://dx.doi.org/10.1145/2649387.2649406）
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