Dixon等人（2012）提出的一种原始dibbasedomain调用者的python实现
domaincaller的Python项目详细描述
简介
Domaincaller是基于原始方向性索引（DI）的实现 由Dixon等人提出的TAD caller，而不是 在调用者的每个阶段，这个模块提供了一个方便的命令行界面 集成整个流水线，包括计算DI轨迹，执行HMM 以及后期处理。它支持.cool 矩阵格式，所以在处理高分辨率数据时内存需求很低。在
安装
首先使用conda安装依赖项：
conda config --add channels defaults conda config --add channels bioconda conda config --add channels conda-forge conda create -n domaincaller python=3.7.1 cooler=0.8.6 numpy=1.17.2 scipy=1.3.1 pomegranate=0.10.0 networkx=1.11 conda activate nholoop
然后使用pip安装domaincaller：
^{pr2}$使用
通过domaincaller [-h]检查命令行帮助。在
引文
| [1] | Dixon JR, Selvaraj S, Yue F, Kim A, Li Y, Shen Y, Hu M, Liu JS, Ren B. Topological domains in mammalian genomes identified by analysis of chromatin interactions. Nature, 2012, doi: 10.1038/nature11082 |
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