ngs的rnf框架:读取模拟、映射器评估、rnf兼容数据转换。
RNFtools的Python项目详细描述
read naming format是用于分配的通用格式 读取包含原始位置编码信息的名称。 rnftools是关联的 软件包,可以:
- 使用多种集成读取模拟器(ART、DWGSIM、Mason、WGSIM等)从单个基因组(即全基因组测序)或多个基因组(即亚基因组模拟)模拟符合RNF的读取;
- 使用rnf reads;
- 将非rnf模拟读取转换为rnf(例如,从sam格式);
- 在不同的坐标系之间转换rnf读取的基因组坐标(使用chain liftover格式)。
链接
web项目:http://karel-brinda.github.io/rnftools/
rnf规范:http://karel-brinda.github.io/rnf-spec/
安装:http://rnftools.readthedocs.org/en/latest/tutorial/00_installation.html
用法示例:http://github.com/karel-brinda/rnftools/tree/master/examples/01_tutorial