ngs的rnf框架:读取模拟、映射器评估、rnf兼容数据转换。

RNFtools的Python项目详细描述


https://travis-ci.org/karel-brinda/rnftools.svg?branch=masterhttps://readthedocs.org/projects/rnftools/badge/?version=latesthttps://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg?style=flat-squarehttps://badge.fury.io/py/RNFtools.svghttps://img.shields.io/badge/doi-10.1093%2Fbioinformatics%2Fbtv524-brightgreen.svghttps://zenodo.org/badge/DOI/10.5281/zenodo.1066626.svg

read naming format是用于分配的通用格式 读取包含原始位置编码信息的名称。 rnftools是关联的 软件包,可以:

  • 使用多种集成读取模拟器(ART、DWGSIM、Mason、WGSIM等)从单个基因组(即全基因组测序)或多个基因组(即亚基因组模拟)模拟符合RNF的读取;
  • 使用rnf reads;
  • 将非rnf模拟读取转换为rnf(例如,从sam格式);
  • 在不同的坐标系之间转换rnf读取的基因组坐标(使用chain liftover格式)。

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