视网膜主题映射工具
retinotopic-mapping的Python项目详细描述
#视网膜主题图软件包
庄军摄 &；copy；2016艾伦学院 电子邮件：junz<；at>；alleninstitute<；dot&；gt；org
为了更全面地介绍和解释本单元，请 请参阅我们的[文档]（http://retinotopic-mapping.readthedocs.io/）。 如果文档的联机版本看起来不完整。请参考 到/doc/build/html/文件夹中本地生成的html版本 分公司。
retinotopic映射包是一个自包含的模块 在视觉生理学实验中显示视觉刺激 对实验结果进行数据分析。这个包裹是 用于显示视觉刺激和分析研究数据 庄等人，2017（7）
在模块中实现了视觉刺激的产生和显示。 monitorsetup.py，stimulusroutines.py和displaystimulus.py。 这些模块允许你显示闪烁的圆圈，稀疏的噪音， 局部稀疏噪声、漂移分级圆、静态分级圆 以及其他球面校正。球面法 更正与Marshel等人的相同。2011年（2）。这些刺激 例程是高度可定制的，旨在为用户提供 创造性实验设计的灵活性和控制性。
请检查“示例视觉刺激”文件夹 视觉刺激的示例脚本。
这个包可以执行的一个特定分析是自动化的 小鼠视觉皮层的分割，在 retinotopicmapping.py模块。 实验装置和分析程序是 修改自Garrett等人2014（1），密切关注 Juavinett等人记录的协议和程序。2016年 （二）。
分析得到小鼠大脑皮层的视觉高度和方位图 作为输入，计算每个像素和自动分段的视觉符号 皮层表面进入初级视皮层及多个高级视皮层 视觉皮质。理想情况下，可视高度和方位图可以是 群体皮层反应的傅里叶分析 定期扫描检查板视觉刺激（3，4）。
该软件包还提供了一些有用的绘图功能来可视化 结果。
请检查[jupyter]的“examplessignmap_analysis”文件夹 笔记本]（https://github.com/zhuangjun1981/retinotopic_mapping/blob/master/retinotopic_mapping/examples/signmap_analysis/retinotopic_mapping_example.ipynb） 显示小鼠皮层的自动视觉区域分割。
###贡献者： *庄君庄 *约翰·耶瑟利@yearsj *德里克·威廉姆斯@derricw
###支持水平 我们计划在没有固定时间表的情况下偶尔更新此工具。通过问题和拉取请求鼓励社区参与。
####语言：
- python 2.7版
####安装： ` cd <package_path> conda env create -f environment.yml (this will take a while) activate retinotopic_mapping (Windows) source activate retinotopic_mapping (Mac or Linux) python setup.py install `
####依赖关系：
- Numpy，1.13.1版或更高版本
- scipy，0.17.1版或更高版本
- matplotlib，1.5.1版或更高版本
- 心理变态，1.85.2版或更高版本
- Pyglet，1.2.4版或更高版本
- opencv python，版本>；=2.4.8，<；=2.4.10
- SCIKIT图像，0.12.3版或更高版本
- PIL，4.3.0版或更高版本
- Pydaqmx，1.3.2版或更高版本 *需要National Instruments DAQMX驱动程序，版本15.0或更高版本
####参考文献：
- Garrett Me，Nauhaus I，Marshel JH，Callaway EM（2014）小鼠视觉皮层的地形和区域组织。神经学杂志34:12587-12600。
- Juavinett al，Nauhaus I，Garrett Me，Zhuang J，Callaway EM（2017年）。利用内在信号成像自动识别老鼠的视觉区域。自然法则。12:32-43分。
- Kalatsky VA，Stryker MP（2003）光学成像的新范式：内在信号的时间编码映射。神经元38:529-545。
- Marshel JH，Kaye AP，Nauhaus I，Callaway EM（2012）小鼠外侧膝状体浅核前后方向对合。神经的N 76:713-720。
- Mi Sereno，Dale Am，Reppas JB，Kwong KK，Belliveau JW，Brady TJ，Rosen Br，Tootell RB（1995）功能磁共振成像揭示的人类多个视觉区域的边界。科学268:889-893.
- Mi Sereno，McDonald CT，Allman JM（1994）纹外皮质视网膜主题图分析。小脑皮质4:601-620。
- 庄杰，吴莉，威廉姆斯D，谷M，李Y，加勒特M，沃特斯J（2017）小鼠皮层视网膜主题图的扩展。伊莱夫6:E18372。
####问题：
- 大多数图像分析参数定义为像素数，而不是微米。
- 在windows下工作，但在mac和linux上没有完全测试。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
