dna酶切反应条件优化工具
reoptimize的Python项目详细描述
限制性内切酶反应条件优化的python工具 DNA的消化
此工具允许您搜索合适的缓冲区 用任意数量的酶消化DNA。它计算 所需酶的数量（单位）并考虑持续时间 限制性内切酶消化（基于酶存活和 省时认证）。这是一个非常粗糙的第一次尝试，但是 根据我们有多少时间慢慢改善。计划是 还有Linux、MacOS和Windows的图形用户界面。
所需输入：
- 酶名称
- 每种酶的目标DNA有多少个片段？ （可选，默认值1）
- 目标DNA（碱基对）有多长？（可选，默认5000）
- 你打算培养反应多长时间（几小时内）？ （可选，默认1小时）
- 你想切多少DNA（微克）？（可选，默认值为1微克）
输出：
- 按适用性（或结果）排序的可能缓冲区 “不推荐同步摘要”）
- 所有可能缓冲液所需的每种酶的量
要求：
生物疗法
因为即使是最新的生物圈分布也不包含所有的酶 由NEB出售，您需要手动更新restriction_dictionary.py 通过将其复制到 文件夹的bio/restriction文件夹，其中python3存储 python包。在Ubuntu16.04上，这将是 /usr/lib/python3/dist包/bio/restriction。
文件：
重新优化执行计算的脚本。用法示例：
这是一个AFLII和HINDIII的双重消化，目标DNA 有两个AFLII位点和一个HindIII位点：
reoptimize -e ‘AflIII 2’ ‘HindIII 1’
这将通过命令行提供所有必需的参数：
reoptimize -e ‘EcoRI 2’ ‘HindIII 3’ -l 3000 -t 4 -m 2
-L（靶DNA长度，碱基对）-T（培养时间，小时） -m（DNA量，单位为微克）
make_sqlite_database.py此脚本获取neb的所有数据 内布拉斯加州大学网页上的酶，并汇编所需的数据库 让脚本运行。运行它将生成数据库文件 “resqlite3.db”
assay_dnas.fasta此文件包含所有 NEB使用的分析DNA。我们将其包含在这里以避免查询 “限制站点频率”表（该表不完整）。
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