一个频率偏差密码子优化脚本与早期ngg避免和可选iupac匹配避免。
pysplicer的Python项目详细描述
py拼接器
==
一个频率/偏压密码子优化系统，具有早期ngg避免和可选的iupac匹配避免。
由cathal garvey提供，根据gnu affero通用公共许可证发布。
o编译或构建基本功能。
为了获得最佳输出，您还应该使用下载文件安装viennarna包
[此处]（http://www.tbi.univie.ac.at/~ronny/rna/index.html）；您可以在
之前或安装py拼接器之后执行此操作，这无关紧要。
y安装py拼接器使用的是pip-3.2，如果您已经安装了它的话。
easy install也可以很好地安装py拼接器而不必头疼。
接下来最好的方法是从github存储库下载最新版本，
通过终端输入目录，然后调用"python3 setup"。py install"
具有管理员/sudo/root权限。
usage
----
py拼接器由一个python模块和一个python脚本组成，用于终端使用。
有关脚本的用法信息，在使用pip-3.2
或setup.py安装此包后，请尝试在终端。
这将使py拼接器使用rnafold，而不是使用自己非常糟糕的
算法进行结构分析，这肯定会产生更好的结果。
请注意，即使安装了viennarna，结构预测也肯定是pys中计算最密集的部分。plicer的工作，所以编译大型序列需要很长时间。
什么是py拼接器？
----
py拼接器是一种密码子优化方法的自由软件实现，其中
密码子是基于频率表选择的，通常用于匹配目标主机
频率，但也（在可能的情况下）用于匹配经验性确定的通常给出更好的表达式结果。
py拼接器还没有实现密码子优化的所有最佳实践，
，但是与大多数可用的免费软件密码子优化程序相比，它是非常好的。虽然大多数程序仍然使用有点不可信的"最佳选择"方法，即"高度表达"基因中最常见的密码子在任何可能的情况下都是优先选择的，但是频率匹配方法似乎可以提供更好的结果，并且频率匹配方法
偏向于trna在饥饿条件下保持带电的密码子的方法似乎能获得更好的结果。
py拼接器可以被引导来避免最终输出中的dna/rna序列，它试图首先实现的是产生大量的cand。idates和
遍历它们以避开此类站点，然后尝试在每个此类站点替换
同义密码子。要避免的子序列可以用扩展的iupac表示法给出，这样awgs可以引用aagg、aagc、atgg、
或atgc。可能需要注意的是，为了内部一致性，所有序列在使用前都在内部转化为DNA，结构避免/去除过程对成功的基因表达有显著的积极影响，特别是当5’端的结构r或cds的前几个密码子被消除。
py拼接器可以将结构预测外包给viennarna工具，如果它们存在并且选择了选项。这是*强烈推荐*。检测到的
结构然后使用与为避免上述情况而指定的序列相同的方法移除。
如果未安装viennarna，py拼接器将尝试映射简单的发夹
结构，但这要慢得多，不太可靠，通常不太有用，并且
将省略sea其他或更复杂结构的rche。这是唯一的选择e viennarna不存在（参见上面的viennarna下载页）。
py拼接器特别努力避免输出序列前几个密码子中的"ngg"密码子
，因为这些密码子与转录失败有关，并且
试图稍微偏向于将"a"核苷酸转换为somewhat降低了在关键的5'先导区形成二级结构的几率。
在一些实证研究中，较低的初始密码子cai与较高的整体表达相关，尽管由于资金限制，py拼接器在经验上无法与其他适应性解决方案进行比较，因此对于
，现在这是有根据的。
/>————
如果密码子使用表不可用，则可以指定包含
密码子使用表的json格式文件。格式应该是一个包含单字母氨基键的json对象（类似于语法相同的python dict），该对象指向包含密码子键的dict，每个密码子键指向表示相对频率的浮点值。钥匙都是大写的DNA，不是RNA。例如：
{"a"：{"gca"：0.15，"gcc"：0.18，"gcg"：0.51，"gct"：0.15}，
"c"：{"tgc"：0.65，"tgt"：0.35}…}
将此表转换为py拼接器格式的json表。它接受一个可选的
"-t"开关，该开关指定要使用的密码子表；它默认为"标准"
表。使用"-help"开关调用cut to py拼接器将打印用法
信息以及要指定的可能转换表列表。
==
一个频率/偏压密码子优化系统，具有早期ngg避免和可选的iupac匹配避免。
由cathal garvey提供，根据gnu affero通用公共许可证发布。
o编译或构建基本功能。
为了获得最佳输出，您还应该使用下载文件安装viennarna包
[此处]（http://www.tbi.univie.ac.at/~ronny/rna/index.html）；您可以在
之前或安装py拼接器之后执行此操作，这无关紧要。
y安装py拼接器使用的是pip-3.2，如果您已经安装了它的话。
easy install也可以很好地安装py拼接器而不必头疼。
接下来最好的方法是从github存储库下载最新版本，
通过终端输入目录，然后调用"python3 setup"。py install"
具有管理员/sudo/root权限。
usage
----
py拼接器由一个python模块和一个python脚本组成，用于终端使用。
有关脚本的用法信息，在使用pip-3.2
或setup.py安装此包后，请尝试在终端。
这将使py拼接器使用rnafold，而不是使用自己非常糟糕的
算法进行结构分析，这肯定会产生更好的结果。
请注意，即使安装了viennarna，结构预测也肯定是pys中计算最密集的部分。plicer的工作，所以编译大型序列需要很长时间。
什么是py拼接器？
----
py拼接器是一种密码子优化方法的自由软件实现，其中
密码子是基于频率表选择的，通常用于匹配目标主机
频率，但也（在可能的情况下）用于匹配经验性确定的通常给出更好的表达式结果。
py拼接器还没有实现密码子优化的所有最佳实践，
，但是与大多数可用的免费软件密码子优化程序相比，它是非常好的。虽然大多数程序仍然使用有点不可信的"最佳选择"方法，即"高度表达"基因中最常见的密码子在任何可能的情况下都是优先选择的，但是频率匹配方法似乎可以提供更好的结果，并且频率匹配方法
偏向于trna在饥饿条件下保持带电的密码子的方法似乎能获得更好的结果。
py拼接器可以被引导来避免最终输出中的dna/rna序列，它试图首先实现的是产生大量的cand。idates和
遍历它们以避开此类站点，然后尝试在每个此类站点替换
同义密码子。要避免的子序列可以用扩展的iupac表示法给出，这样awgs可以引用aagg、aagc、atgg、
或atgc。可能需要注意的是，为了内部一致性，所有序列在使用前都在内部转化为DNA，结构避免/去除过程对成功的基因表达有显著的积极影响，特别是当5’端的结构r或cds的前几个密码子被消除。
py拼接器可以将结构预测外包给viennarna工具，如果它们存在并且选择了选项。这是*强烈推荐*。检测到的
结构然后使用与为避免上述情况而指定的序列相同的方法移除。
如果未安装viennarna，py拼接器将尝试映射简单的发夹
结构，但这要慢得多，不太可靠，通常不太有用，并且
将省略sea其他或更复杂结构的rche。这是唯一的选择e viennarna不存在（参见上面的viennarna下载页）。
py拼接器特别努力避免输出序列前几个密码子中的"ngg"密码子
，因为这些密码子与转录失败有关，并且
试图稍微偏向于将"a"核苷酸转换为somewhat降低了在关键的5'先导区形成二级结构的几率。
在一些实证研究中，较低的初始密码子cai与较高的整体表达相关，尽管由于资金限制，py拼接器在经验上无法与其他适应性解决方案进行比较，因此对于
，现在这是有根据的。
/>————
如果密码子使用表不可用，则可以指定包含
密码子使用表的json格式文件。格式应该是一个包含单字母氨基键的json对象（类似于语法相同的python dict），该对象指向包含密码子键的dict，每个密码子键指向表示相对频率的浮点值。钥匙都是大写的DNA，不是RNA。例如：
{"a"：{"gca"：0.15，"gcc"：0.18，"gcg"：0.51，"gct"：0.15}，
"c"：{"tgc"：0.65，"tgt"：0.35}…}
将此表转换为py拼接器格式的json表。它接受一个可选的
"-t"开关，该开关指定要使用的密码子表；它默认为"标准"
表。使用"-help"开关调用cut to py拼接器将打印用法
信息以及要指定的可能转换表列表。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
