java调用管道的Python实现（Ⅱ）
pySNPCall的Python项目详细描述
关于这方面的问题，我们会在++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++描述如下。为了保持一致性，配置文件与Java代码中的描述完全相同。
在https://github.com/dsglab/snpcallingpipeline上提供了Java代码中各种选项的描述。
此目录中包含了一个示例配置文件。
+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++无ALN]
[--local][--submit][--subset subset]
[--def_run]
runPySNPCLealPixeP< BR/> BR/>可选参数：
-H，帮助显示此帮助消息，并退出
-C CONFIX文件，CONF CONFIXFILL.BR/>需要一个配置文件运行
PYSNPCARILIN流水线。
只对ALNNUL进行对齐，默认为false。使用预运行对齐运行所有分析，默认值为
false。
--local这是本地运行还是应该创建slurm文件？
默认值为true。
--如果运行超级计算群集，则提交，应该只创建slurm
文件，或者应该将作业作为
提交。
--子集提供
“alignment，gethqsnps，intraclonalsnps，checksnps，
filtersnps”
--def运行的子集的逗号分隔列表默认：在本地运行整个计算。
在https://github.com/dsglab/snpcallingpipeline上提供了Java代码中各种选项的描述。
此目录中包含了一个示例配置文件。
+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++无ALN]
[--local][--submit][--subset subset]
[--def_run]
runPySNPCLealPixeP< BR/> BR/>可选参数：
-H，帮助显示此帮助消息，并退出
-C CONFIX文件，CONF CONFIXFILL.BR/>需要一个配置文件运行
PYSNPCARILIN流水线。
只对ALNNUL进行对齐，默认为false。使用预运行对齐运行所有分析，默认值为
false。
--local这是本地运行还是应该创建slurm文件？
默认值为true。
--如果运行超级计算群集，则提交，应该只创建slurm
文件，或者应该将作业作为
提交。
--子集提供
“alignment，gethqsnps，intraclonalsnps，checksnps，
filtersnps”
--def运行的子集的逗号分隔列表默认：在本地运行整个计算。
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