python的radiomics特性库

pyradiomics的Python项目详细描述


日射组学2.2.0版

生成状态

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python中的radiomics功能提取

这是一个开放源码的python包,用于从医学图像中提取无线话筒功能。

我们的目标是建立一个放射分析的参考标准,并提供一个测试和维护 开放源码平台,方便和可重复的放射特征提取。通过这样做,我们希望提高认识 无线通信能力和扩大社区。

该平台支持二维和三维特征提取,可用于计算每个特征的单个值 对于感兴趣的区域("基于线段")或生成特征地图("基于体素")。

不用于临床。

如果您出版任何使用此软件包的作品,请引用以下出版物:Van Griethuysen,J.J.M.,Fedorov,A.,Parmar,C.,Hosny,A.,Aucoin,N.,Narayan,V.,甜菜-棕褐色,R.G.H., Fillon-Robin,J.C.,Pieper,S.,Aerts,H.J.W.L.(2017年)。射线照相解码的计算无线电系统 Phenotype。癌症研究,77(21),E104-E107.https://doi.org/10.1158/0008-5472.can-17-0339

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功能类

当前支持以下功能类:

  • 一阶统计量
  • 基于形状(二维和三维)
  • 灰度共生矩阵(glcm)
  • 灰度游程矩阵(glrlm)
  • 灰度大小区域矩阵(glszm)
  • 灰度依赖矩阵(gldm)
  • 相邻灰度差分矩阵(ngtdm)

过滤类

除了功能类之外,还有一些内置的可选过滤器:

  • 高斯拉普拉斯(对数,基于simpleitk函数)
  • 小波(使用pywavelts包)
  • 正方形
  • 平方根
  • 对数
  • 指数型
  • 梯度(幅度)
  • 局部二进制模式(lbp)2d/3d

可重复提取支持

除了计算功能外,pyradiomics包还包括 输出。此信息包含有关使用的图像和遮罩以及应用设置的信息 和过滤器,从而实现完全可复制的特征提取。

文档

有关详细信息,请参见此处提供的Sphinx生成的文档

或者,您可以生成文档通过签出主分支并从根目录运行来表示:

python setup.py build_sphinx

然后可以在浏览器中打开package\u root\build\sphinx\html\index.html

此外,在这里还提供了一个教学视频

安装

pyradiomics与操作系统无关,并且与python 2.7和python 3.4、3.5和3.6兼容。从2.0版开始, pypi上也提供了日射组学版本。要安装pyradiomics,请确保使用python 已安装并运行:

`python -m pip install pyradiomics`

有关详细的安装说明以及从源代码构建日射电学的说明,请参见 文档

码头工人

pyradiomics还支持dockers。目前有两个码头工人:

第一个是预装有示例笔记本电脑的Jupyter笔记本电脑。

要获取Docker:

docker pull radiomics/pyradiomics:latest

无线话筒/笔记本记事本具有可映射到主机系统目录的公开卷(/data)。例如,要装载当前目录:

docker run --rm -it --publish 8888:8888 -v `pwd`:/data radiomics/notebook

或者对于不太安全的笔记本,跳过随机生成的令牌

docker run --rm -it --publish 8888:8888 -v `pwd`:/data radiomics/notebook start-notebook.sh --NotebookApp.token=''

打开位于http://localhost:8888/" rel="nofollow">http://localhost:8888/的本地网页,当前目录位于http://localhost:8888/tree/data" rel="nofollow">http://localhost:8888/tree/data

第二个是docker,它公开了pyradiomics cli接口。要获取cli docker:

docker pull radiomics/pyradiomics:CLI

然后,您可以按如下方式使用pyradiomics cli:

docker run radiomics/pyradiomics:CLI --help

有关使用Docker的详细信息,请参阅 此处

用法

pyradiomics可以通过featureextractor在python脚本中轻松使用 模块。此外,pyradiomics为单图像提取和 批处理。最后,提供一个方便的前端接口作为"无线话筒" 3D切片器的扩展,可在这里获得

日射组学中使用的第三方软件包:

另请参见要求文件

三维切片器

pyradiomics还可以作为扩展名三维切片器。 下载并安装3d切片器,然后在 "SlicerRadiomics"下的扩展管理器

许可证

此软件包包含在开放源码的3条bsd许可证中。

开发商

1马萨诸塞州波士顿哈佛医学院Brigham and Women's Hospital,Dana Farber Cancer Institute,放射肿瘤学系, 2马萨诸塞州波士顿哈佛医学院布里格姆女子医院放射科, 3荷兰阿姆斯特丹肿瘤研究所放射科, 4荷兰马斯特里赫特马斯特里赫特大学医学中心肿瘤与发育生物学成长学院, 5厨房用具, 6isomics

联系人

我们很乐意为您解答任何问题。请通过pyradiomics电子邮件列表

我们欢迎对日射电子学的贡献。请阅读关于如何 为日射组学做贡献。

这项工作部分得到了美国国家癌症研究所的资助 5U24CA194354,定量放射系统解码肿瘤表型。

欢迎加入QQ群-->: 979659372 Python中文网_新手群

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