python工具用于聚合物参考相互作用位点模型(prism)计算
pyPRISM的Python项目详细描述
<;img src='./tutorial/img/toc.png'width='500px'/>;
<;p>;
<;h1 align="center">;pyprism<;
<;p align="center">;
<;a a a a a a a a a a a a a a a a=
<;lt;img src='https://travis-ci.com/usnivisvis-ci.com/usnivis-ci.com/usnivis.com/usnivis/istgov/pyprism.svg?token=fulcw9ehmtj7ojcv26rg&;branch=master'a lt='主构建状态'/>;
<;
< href='https://travis-ci.com/usnistgov/pyprism'>;
<;img src='https://travis-ci.com/usnistgov/pyprism.svg?token=fulcw9ehmtj7ojcv26rg&;branch=dev'a lt='dev build status'/>;
<;/a>;
< href='http://pyprism.readthedocs.io/en/latest/?徽章=最新>;
<;img src='http://readthedocs.org/projects/pyprism/badge/?version =latest =='DocumentDocumentation Status &><<
<;
<;img src='https://mybinder.org/badge.badge.svg'alt='binder'/>;
>
<;a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a a/><;/p>;
<;p>;
聚合物参考相互作用位点模型(prism)理论描述了类液体聚合物体系的平衡空间关联,包括熔体、混合物、溶液、嵌段共聚物、离聚物、液晶形成聚合物和纳米复合材料。利用棱镜理论,我们可以计算出这些大分子材料的热力学(如第二维里系数、flory-huggins相互作用
参数、平均力势)和结构(如对相关
函数、结构因子)信息。用于进行棱镜理论计算的开源框架。该框架旨在通过提供一个用户友好的脚本界面来简化基于棱柱体的研究,以便设置和数值求解棱柱体方程。pyprism还提供简化棱镜计算的数据结构、函数和类
,允许pyprism扩展用于
其他任务,如原子模拟力场的粗粒化或实验散射数据的建模。该框架的目标是正确、恰当地利用棱镜理论降低势垒,并为快速计算聚合物流体和纳米复合材料的结构和热力学提供平台。
<;/p>;
<;p align="center">;<;b>;如果您在工作中使用pyprism,我们要求您引用以下两篇文章<;/b>;
1。Martin,T.B.;Gartner,T.E III;Jones,R.L.;Snyder,C.R.;Jayaraman,A.;Pyrism:一种计算
高分子材料[link]液态理论的计算工具(https://dx.doi.org/10.1021/acs.macromol.8b00011)
2。瑞士,K.S.;Curro,J.G.;聚合物熔体结构的积分方程理论,物理评论快报,1987,58(3)p246-249[链接](https://doi.org/10.1103/physrevlett.58.246)
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下面是一个python脚本示例,我们使用pyprism计算具有
吸引聚合物-粒子相互作用的纳米复合(聚合物+粒子)系统的成对关联函数。Below the script is a plot of the <
pair correlatcorrelatcorrelation functions from this calculation <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<>>>>>>>>>>>>>> ````pypypypypypypypypypypypypypypypypypypypypypypypypython<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<= 4096)
sys.density ['polymer']=0.75
系统密度["粒子"]=6e-6
系统直径["聚合物"]=1.0
系统直径["粒子"]=5.0
"粒子"]=pyprism.omega.intermolecular()
sys.omega['particle','particle']=pyprism.omega.singlesite()
sys.potential['polymer','polymer']=pyprism.potential.hardsphere(sigma=1.0)
sys.potential['polymer','particle']=pyprism.potential.exponential(sigma=3.0,alpha=0.5,epsilon=1.0)
sys.potential['particle','particle']=pyprism.potential.hardsphere(sigma=5.0)
sys.closure['polymer','polymer']=pyprism.closure.percusyevick()
sys.closure['polymer','particle']=pyprism.closure.percusyevick()
sys.closure['particle',"particle"]=pyprism.closure.hypernettedchain()
<;p align="center">;
<;img src='./tutorial/img/nanomposite-u rdf.png'/>;
<;/p>;
快速安装
==
下面的命令应通过conda
或pip安装具有所有基本依赖项的pyprism。这些命令应该与平台无关,适用于unix、osx和
windows*如果*安装了anaconda或pip。有关完整的安装说明,请参阅文档。
`` bash
$conda install-c conda forge pyprism
``````
`` bash
$pip install pyprism
````
文档
===
-[读取docs.io](https://pyprism.readthedocs.io/)
代码文档托管在readthedocs.io上。最新的
日期代码文档始终可以通过从源代码处编译找到。
联系我们
==
-NIST泰勒马丁博士,
[Github](https://github.com/martintb),
[网页](https://www.nist.gov/people/tyler martin),
[学者](https://scholar.google.com/引文?user=9jmvniaaaj&hl=en)
-托马斯加特纳先生,特拉华大学,
[github](https://github.com/tgartner),
[scholar](https://scholar.google.com/引文?user=lzao5saaaaj&hl=en)
-Ron Jones博士,NIST,
[网页](https://www.nist.gov/people/Ronald-L-Jones),
[学者](https://scholar.google.com/citiations?user=tkatiuiaaaj&hl=en)
-乍得·斯奈德博士,NIST,
[网页](https://www.nist.gov/people/chad-r-snyder),
[学者](https://scholar.google.com/引文?user=mmv7bf8aaj&hl=en)
-特拉华大学阿尔西·贾亚拉曼教授,
[网页](https://udel.edu/~arthij),
[学者](https://scholar.google.com/引文?user=fst4ymwaaaaj)
legal
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