python-scrna序列分类器
pypairs的Python项目详细描述
pypairs-一个python-scrna序列分类器
这是python对pairs算法的重新实现，如a.scialdone等人所述。（2015年）。 原稿可在以下位置获得：https://doi.org/10.1016/j.ymeth.2015.06.021
一种有监督的maschine学习算法，旨在根据单个细胞的转录组信号对其进行分类。 该算法最初是根据scrna序列数据来预测细胞周期的，可用于各种应用。
生成与Scanpy完全兼容。有关详细信息，请参见 full documentation。
开始
注意：版本3仍在开发中。
安装
这个包托管在pypi（https://pypi.org/project/pypairs/）上，可以安装在任何运行 python3通过pip，带有：
pip install pypairs
或者，可以使用Conda安装pypairs（最容易通过 Miniconda Python distribution：
conda install -c bioconda pypairs
最小示例
假设您有两个scrna计数文件（csv，columns=samples，rows=genes）和一个注释文件（csv，no header， 两行：“gene，class”）一个最小的示例如下所示
frompypairsimportpairs,datasets# Load samples from the oscope scRNA-Seq dataset with known cell cycletraining_data=datasets.leng15(mode='sorted')# Run sandbag() to identify marker pairsmarker_pairs=pairs.sandbag(training_data,fraction=0.6)# Load samples from the oscope scRNA-Seq dataset without known cell cycletesting_data=datasets.leng15(mode='unsorted')# Run cyclone() score and predict cell cycle classesresult=pairs.cyclone(testing_data,marker_pairs)# Further downstream analysisprint(result)
许可证
此项目在bsd 3子句许可下获得许可-有关详细信息，请参见LICENSE文件
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