pymatgen-diffusion 2019.8.18

pymatgen扩散

这是pymatgen的一个附加组件，用于开发的扩散分析 通过材料虚拟实验室。注意它依赖于pymatgen的结构 操作、文件IO和初步分析。尤其是皮马特根的 扩散分析仪被大量使用。此附加组件的目的 提供其他扩散分析，使用 扩散分析仪类。

这是并将永远是一项正在进行的科学工作。请核对一下 更多细节。

功能（非详尽！）

1. 范霍夫分析
2. 概率密度
3. 聚类（例如，具有周期性边界条件的k-均值）。
4. 迁移路径查找和idpp。

引用

如果你在研究中使用了pymatgen扩散法，请引用以下内容 工作：

Deng, Z.; Zhu, Z.; Chu, I.-H.; Ong, S. P. Data-Driven First-Principles
Methods for the Study and Design of Alkali Superionic Conductors,
Chem. Mater., 2016, acs.chemmater.6b02648, doi:10.1021/acs.chemmater.6b02648.

您还应该包括以下对pymatgen核心包的引用 鉴于它构成了大多数分析的基础：

Shyue Ping Ong, William Davidson Richards, Anubhav Jain, Geoffroy Hautier,
Michael Kocher, Shreyas Cholia, Dan Gunter, Vincent Chevrier, Kristin A.
Persson, Gerbrand Ceder. *Python Materials Genomics (pymatgen) : A Robust,
Open-Source Python Library for Materials Analysis.* Computational
Materials Science, 2013, 68, 314-319. doi:10.1016/j.commatsci.2012.10.028.

此外，一些分析可能也有相关的出版物 你应该引用。请参阅每个模块的文档。

贡献

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致谢

我们感谢下列机构为 此代码的开发：

1. 美国国家科学基金会的设计材料 为aimd设计1436976号拨款下的未来（dmref）计划 分析包。
2. 美国能源部，科学办公室，基础能源科学 授予编号为de-sc0012118的NEB分析包。