l-measure的python包装器
pylmeasure的Python项目详细描述
pylmeaure:用于lmeasure的python包装器。
PyLMeasure是神经元形态学分析工具L-Measure的command-line interface的python包装库。
安装
要安装库,只需在终端中键入pip install pylmeasure
。
上面的命令包含了必要的二进制文件——无需单独下载L-Measure或安装Java
用法
基本用法是:
from pylmeasure import *
# Specify the L-Measure to compute, full list: http://cng.gmu.edu:8080/Lm/help/index.htm
LMOutput = getOneMeasure('Surface', 'path/to/cell.swc')
print("Surface area:", LMOutput["TotalSum"])
有关更多示例,请参见this Jupyter notebook
问题
如果遇到问题,首先确保不是由于L-Measure本身——这个库只是包装了L-Measure可执行文件。如果是,请联系L-Measure team。如果此库有问题,请创建一个issue on Github。
贡献
要投稿,请open an issue先讨论你的投稿计划。然后分叉这个存储库并提交a pull-request您的更改
致谢
此包装库项目由Ajayrama Kumaraswamy初始化启动。视图the original source