用于计算扩展到标记拓扑的Robinson Fould距离的包。
pylabeledrf的Python项目详细描述
Pylabeledrf
Pylabeledrf是一种启发式算法，用于计算标记拓扑之间Robinson-Foulds树拓扑距离的扩展，其中内部节点用物种形成或复制事件标记。
引文
如果您在工作中使用我们的软件包，请考虑引用：
Samuel Briand，Christophe Dessimoz，Nadia El Mabrouk，Manuel Lafond，Gabriela Lobinska，将Robinson Foulds距离延伸到调和树，提交了
安装
该包需要python 3（>；=3.6）。最简单的安装方法是使用
pip，安装package from
PyPI。
pip install pylabeledrf
文档
文档可用here。
示例
frompylabeledrf.computeLRFimport*importdendropytaxa=dendropy.TaxonNamespace()# retrieve the test TP53 reconciled tree (from Ensembl compara 96)p53=dendropy.Tree.get_from_url('https://raw.githubusercontent.com/DessimozLab/pylabeledrf/master/test/p53.nhx','newick',taxon_namespace=taxa)t1=parseEnsemblLabels(p53)# introduce 5 random edits and compute the distancet2=mutateLabeledTree(t1,5)computeLRF(t1,t2)# randomise the labels and compute the distancet3=randomLabels(t1)computeLRF(t1,t3)
许可证
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