pyina 0.2.2

关于皮娜

pyina包提供了几个基本工具，使基于mpi的 并行计算对最终用户更容易访问目标 允许用户将自己的代码扩展到基于mpi的 最少重构的并行计算

pyina的中心元素是并行映射算法。 pyina目前提供了两种执行并行映射的策略， 其中策略是分配 跨可用节点的作业这些策略可以在原始的“中使用” （即直接）向用户自己的mpi感知代码提供映射算法。 此外，在pyina.mpipyina中提供管道和映射实现 （称为“easy map”）向用户隐藏mpi内部。与 “简单映射”，用户可以使用 标准的python，无需编写一行mpi代码。

用户通常有几种方法可以在 并行-直接使用mpirun或mpiexec，或通过使用 调度程序，如torque或slurm。pyina封装了其中的几个 “启动程序”，并为 启动MPI作业。

pyina是用于异构计算的python框架pathos的一部分。 pyina正在进行活动开发，因此任何用户反馈、错误报告、评论， 或建议是高度赞赏的保留已知问题的列表 在http://trac.mystic.cacr.caltech.edu/project/pathos/query.html与公众 票务清单在https://github.com/uqfoundation/pyina/issues。

主要特点

pyina提供了一个高度可配置的并行映射接口 要运行MPI作业，请使用：

• a map interface that extends the python ^{tt14}$ standard
• the ability to submit batch jobs to a selection of schedulers
• the ability to customize node and process launch configurations
• the ability to launch parallel MPI jobs with standard python
• ease in selecting different strategies for processing a work list

当前版本

本文档适用于pyina-0.2.2版本。

最新发布的pyina版本位于：

https://pypi.org/project/pyina

pyina在3子句bsd许可下分发。

>>> import pyina
>>> print (pyina.license())

开发版本

您可以在以下位置获得最新的开发版本和所有闪亮的新功能：

https://github.com/uqfoundation

如果您有新的贡献，请提交一个拉请求

安装

pyina已打包以从源安装，因此必须 下载tarball，解压缩并运行安装程序：

[download]
$ tar -xvzf pyina-0.2.2.tar.gz
$ cd pyina-0.2.2
$ python setup py build
$ python setup py install

之后将警告您任何缺少的依赖项和/或设置 运行上面的“构建”步骤。pyina依赖于dill，pox，pathos，以及 mpi4py，所以应该先安装它们。MPI的版本也必须是 安装。pyina中提交给计划程序的启动程序将抛出错误 如果基础计划程序不可用，但是计划程序不可用 需要pyina才能执行。

或者，pyina可以与pip或easy_install一起安装：

$ pip install pyina

要求

pyina需要：

• ^{tt30}$, version >= 2.6 or version >= 3.3
• ^{tt31}$, version >= 1.0
• ^{tt23}$, version >= 1.3
• ^{tt20}$, version >= 0.3.0
• ^{tt21}$, version >= 0.2.6
• ^{tt11}$, version >= 0.2.4

可选要求：

• ^{tt36}$, version >= 0.6
• ^{tt37}$, version >= 0.3.3

更多信息

也许开始的最好方法是查看 http://pyina.rtfd.io另请参见pyina.examples和^{tt39}。$ 对于演示配置和启动 使用“easy map”接口的基于mpi的并行作业另见 pyina.examples_other用于一组测试更多原始脚本 pyina的内部。您可以使用python -m pyina.tests运行测试。 包含一个用于查询、设置和拆除MPI的脚本 有关详细信息，请参见python -m pyina。源代码 通常都有很好的记录，所以进一步的问题可以通过 检查代码本身。请在Github上提交机票， 或者在stackoverflow上提问（@mike mckerns）。 如果您想分享如何在工作中使用pyina，请发送 一个电子邮件（到{STR 1 } $MMCKNS在UqForm DOORG <<强>）。

重要的类和函数如下：

$ mpi_world

$ alias mpython1='mpiexec -np 1 `which python`'
$ alias mpython2='mpiexec -np 2 `which python`'
$ ...

引文

如果您使用pyina进行导致出版物出版的研究，我们要求您 通过在出版物中引用以下内容，确认使用了pyina：

M.M. McKerns, L. Strand, T. Sullivan, A. Fang, M.A.G. Aivazis,
"Building a framework for predictive science", Proceedings of
the 10th Python in Science Conference, 2011;
http://arxiv.org/pdf/1202.1056

Michael McKerns and Michael Aivazis,
"pathos: a framework for heterogeneous computing", 2010- ;
http://trac.mystic.cacr.caltech.edu/project/pathos

请参阅http://trac.mystic.cacr.caltech.edu/project/pathos或 http://arxiv.org/pdf/1202.1056了解更多信息。