用于心率变异性的python工具箱。
pyhrv的Python项目详细描述
此存储库包含在我的硕士论文范围内开发的hrv工具箱（python包）"开发用于心率变异性（hrv）的开源python工具箱"）。
心率变异性-测量标准，生理解释以及临床使用指南和其他参考资料，这些都是代码本身的注释（将很快完全更新）。
下面是参数和特性的列表。主要更新将列在更改日志中。
开始
安装
可以使用pip工具安装此软件包：
pipinstallpyhrv
当前的pyhrv主要是为python 2.7编程语言开发的。运行上面的pip命令可能会导致 尝试使用Python3安装包时出错。在这种情况下，请先尝试安装pyhrv依赖项：
pipinstallbiosppypipinstallmatplotlibpipinstallnumpypipinstallscipypipinstallnoldspipinstallspectrumpipinstallpyhrv
文档和教程
有关所有可用功能和简短快速入门教程的概述，请参见自述文件，该文件位于pyhrv包中。
正式的pyhrv文档现已在readthedocs上提供：
hrv参数列表
可以使用此工具箱计算以下hrv参数。
（NNI：正常至正常间隔，HR：心率，SD：标准差，p sd：功率谱密度）
时域参数
- NNI系列的基本统计参数（最小值、最大值、平均值）
- NNI差异系列的基本统计参数（最小、最大、平均、最大差异）
- HR系列的基本统计参数（min、max、mean、sd）
- NNI（SDNN）的标准偏差
- 5分钟段的标准差平均值（SDNN指数）
- 5分钟段平均标准差（SDANN）
- 连续差的均方根（rmssd）
- 连续差分标准差（SDSD）
- NN50（NNI>；50ms）和PNN50（NNI>；50ms的百分比）
- nnx（nni>；xms）和pnn50（nni>；xms的百分比）
- 三角形索引
- 基于三角插值的直方图基线宽度（tinn）（tinn，n，m）
频域参数
从韦尔奇方法和lomb scargle周期图（具有默认或自定义频带）计算以下psd参数：
- 峰值频率
- 绝对功率
- 对数幂
- 相对功率
- 标准化功率（仅限低频和高频）
- 低频/高频比
非线性参数
- Poincaréplot（SD1，SD2，拟合椭圆面积，SD2/SD1比值）
- 样本熵
- 去趋势波动分析（短期和长期）
附加的hrv工具
- NNI级数的计算
- Δnni级数的计算
- HR级数的计算
- 信号分割
- 在医学级别上绘制心电图，如心电图纸布局
- 转速图绘图
- hrv报告生成（.txt和.csv格式）
- hrv结果导出和导入（.json格式）
示例图
心电图图
转速表
直方图和几何参数
频域-韦尔奇周期图
频域-lomb瘢痕周期图
频域-自回归方法
非线性-Poincaré&Detrended波动分析
依赖关系
这项工作的背景
该软件包最初是在我的硕士论文《心率变异性开源python工具箱的开发》（hrv）的范围内开发的，该论文位于德国汉堡应用科学大学（生物医学工程系生命科学系）和葡萄牙里斯本plux无线生物信号学
在本工作范围内开发的其他支持包
打开信号读卡器
要读取的python包opensignals（r）evolution文件和传感器数据自动转换，用于bitalino（r）evolution传感器数据。
开发此软件包是为了便于导入使用Bitalino（R）Evolution采集的心电传感器数据，以进行心率变异性分析。
有关详细信息，请访问存储库：
https://github.com/pgomes92/opensignalsreader
（OpenSignals（R）evolution（作者plux wireless biosignals s.a.）是Bitalino和href="http://biosignalsplux.com" rel="nofollow">biosignalsplux生物信号采集平台。）
库比奥斯
python包，用于以可读格式导出nn/rr interval series，并以.txt格式从kubios报告文件导入hrv结果。
有关详细信息，请访问存储库：
https://github.com/pgomes92/kubios
引用
如果您需要在任何工作中引用此软件包，请使用下面的引用格式：
- Gomes P，Silva H，Margaritoff P，Pyhrv-心率变异性开源Python工具箱，2018-，
https://github.com/pgomes92/hrv toolkit/[在线；访问
<；year>；-<；month>；-<；day>；]。
@Misc{, author = {Pedro Gomes, Hugo Silva, Petra Margaritoff}, title = {{pyHRV} - Open-Source Python Toolbox for Heart Rate Variability}, year = {2018--}, url = "https://github.com/PGomes92/hrv-toolkit/", note = {[Online; accessed <today>]}}
存储库结构信息
.
├── pyhrv # HRV toolbox/package (where the magic happens)
| └──files # Sample files & HRV keys
| | ├── hrv_keys.json # HRV keys to access the parameter results stored in
| | | # biosspy.utils.ReturnTuple objects & parameter labels
| | ├── SampleExport.json # Sample export file generated with pyhrv.tools.hrv_export()
| | ├── SampleReport.txt # Sample export file generated with pyhrv.tools.hrv_report()
| | └── SampleECG.txt # BITalino (r)evolution sample ECG acquistion
| |
| ├── samples # 50 sample NNI series
| |
| ├── README.md # Package overview & quick start guide/examples
| ├── references.txt # References used in the in-code documentation
| ├── __init__.py # Package initialitation file
| ├── __version__.py # Package version file
| ├── tools.py # HRV tools (nni, segmentation, reports, ...)
| ├── hrv.py # HRV package level function
| ├── time_domain.py # Time domain parameter functions
| ├── frequency_domain.py # Frequency domain parameter functions
| └── noninear.py # Nonlinear parameter functions
|
├── SampleFigures # Sample figures of plots
| └──readmefigures # readmefigures
├── changelog.md # Changelog
├── LICENSE.txt # License information
└── README.py # <- you are here
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