pyhml 0.0.5

功能

importpyhmlhml_file="hml_example.xml"hmlparser=pyhml.HmlParser()hml=hmlparser.parse(hml_file)outdir='output/directory'# Print out each subject in fasta formathml.tobiotype(outdir,dtype='fasta',by='subject')# Print out the full HML file in IMGT dat file formathml.tobiotype(outdir,dtype='imgt',by='file')# Get pandas DF from HML objectpandasdf=hml.toPandas()print(pandasdf)IDLocusglstringdbversion  \
    01367-7150-8HLA-AHLA-A*01:01:01+HLA-A*24:02:013.14.011367-7150-8HLA-AHLA-A*01:01:01+HLA-A*24:02:013.14.021367-7150-8HLA-AHLA-A*01:01:01+HLA-A*24:02:013.14.031367-7150-8HLA-AHLA-A*01:01:01+HLA-A*24:02:013.14.041367-7150-8HLA-BHLA-B*08:01:01+HLA-B*57:01:013.14.051367-7150-8HLA-BHLA-B*08:01:01+HLA-B*57:01:013.14.061367-7150-8HLA-BHLA-B*08:01:01+HLA-B*57:01:013.14.071367-7150-8HLA-BHLA-B*08:01:01+HLA-B*57:01:013.14.081367-7150-8HLA-CHLA-C*06:02:01+HLA-C*07:01:013.14.091367-7150-8HLA-CHLA-C*06:02:01+HLA-C*07:01:013.14.0101367-7150-8HLA-CHLA-C*06:02:01+HLA-C*07:01:013.14.0111367-7150-8HLA-CHLA-C*06:02:01+HLA-C*07:01:013.14.0121367-7150-8HLA-DPB1HLA-DPB1*02:01:02+HLA-DPB1*04:01:013.14.0131367-7150-8HLA-DPB1HLA-DPB1*02:01:02+HLA-DPB1*04:01:013.14.0141367-7150-8HLA-DRB1HLA-DRB1*03:01:01+HLA-DRB1*07:01:013.15.0151367-7150-8HLA-DRB1HLA-DRB1*03:01:01+HLA-DRB1*07:01:013.15.0sequence0TTCCTGGATACTCACGACGCGGACCCAGTTCTCACTCCCATTGGGT...1TTCCCGTCAGACCCCCCCAAGACACATATGACCCACCACCCCATCT...2TTCCTGGATACTCACGACGCGGACCCAGTTCTCACTCCCATTGGGT...3GTGCCTGTGTCCAGGCTGGTGTCTGGGTTCTGTGCTCTCTTCCCCA...4CCATGGTGAGTTTCCCTGTACAAGAGTCCAAGGGGAGAGGTAAGTG...5GGCCTCTGCGGAGAGGAGCGAGGGGCCCGCCCGGCGAGGGCGCAGG...6CCATGGTGAGTTTCCCTGTACAAGAGTCCAAGGGGAGAGGTAAGTG...7GGCCTCTGCGGAGAGGAGCGAGGGGCCCGCCCGGCGAGGGCGCAGG...8AGGGATCAGGACGAAGTCCCAGGTCCCGGACGGGGCTCTCAGGGTC...9CGCATCCCCACTTCCCACTCCCATTGGGTGTCGGATATCTAGAGAA...10AGGGATCAGGACGAAGTCCCAGGTCCCGGACGGGGCTCTCAGGGTC...11CGCATCCCCACTTCCCACTCCCATTGGGTGTCGGATATCTAGAGAA...12CCAATTGGCCAATTGGCCAATTGGCCAATTGGCCAATTGGCCAATT...13CCAATTGGCCAATTGGCCAATTGGCCAATTGGCCAATTGGCCAATT...14CATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCA...15CATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCA...

安装

pip install pyhml

学分

这个包是用Cookiecutter和audreyr/cookiecutter-pypackage项目模板创建的。

0.0.5（2017-04-16）

• 改进的文档
• 修复了使用nmdp-correction解析hml文件的问题

0.0.4（2017-04-15）

• 修复了依赖关系问题。
• 已将tobiotype移动到hml对象。
• 将todf移到hml对象并重命名为topandas（）
• 添加测试并链接到travis.ci

0.0.3（2017-04-14）

• 添加了分析.gz文件的功能
• 添加了解析带有错误标记的hml文件的功能。

0.0.2（2017-11-14）

• 修复了分析缺少数据的hml文件时出现的问题

0.0.1（2017-10-19）

• pypi上的第一个版本。