pyGenomeTracks 3.1

pygenometracks

绘制美丽基因组浏览器轨迹的独立程序和库

pygenometracks的目标是产生高质量的基因组浏览器跟踪 高度可定制。目前，可以绘制：

• 大人物
• 床/GTF（多种选择）
• 床形图
• 外延
• 窄峰
• 链接（表示为弧）
• hi-c矩阵

pygenometrack可以绘制带有或不带有hi-c数据的图。下面是来自ramírez等人的pygenometracks输出示例。2017

安装

pygenometracks与python一起工作>；=3.6。

目前，安装pygenometracks的最佳方法是使用anaconda

$ conda install -c bioconda pygenometracks

此外，pygenometracks可以使用pip安装

$ pip install pyGenomeTracks

如果要安装最新版本，请使用：

$ pip install  git+https://github.com/deeptools/pyGenomeTracks.git

用法

要运行pygenometracks，需要一个描述跟踪的配置文件。创建此文件的最简单方法是使用程序make_tracks_file创建配置文件 可以轻松更改的默认值。格式为：

$ make_tracks_file --trackFiles <file1.bed> <file2.bw> ... -o tracks.ini

制作曲目文件使用文件结尾猜测文件类型。

然后，可以使用以下命令绘制区域：

$ pyGenomeTracks --tracks tracks.ini --region chr2:10,000,000-11,000,000 --outFileName nice_image.pdf

结束--outfilename定义图像格式。如果使用.pdf，则生成的图像为pdf。选项包括pdf、png和svg。

引文

如果在分析中使用pygenometracks，可以引用以下文章：

菲德尔·拉米雷斯、维韦克·巴尔德瓦、劳拉·阿里戈尼、林建忠、比约恩·A·格吕宁、何塞·维拉维克斯、比安卡·哈贝曼、阿西法·阿克塔和托马斯·曼克。高分辨率tads揭示了苍蝇基因组结构的dna序列。《自然通信》（2018年）doi:10.1038/s41467-017-02525-w

示例

（这些示例可在examples/文件夹中找到）

一个包含单个bigwig轨迹的配置文件的最小示例如下：

[bigwig file test]file=bigwig.bw# height of the track in cm (optional value)height=4title=bigwigmin_value=0max_value=30

$ pyGenomeTracks --tracks bigwig_track.ini --region X:2,500,000-3,000,000 -o bigwig.png

现在，让我们添加基因组位置和一些基因：

[bigwig file test]file=bigwig.bw# height of the track in cm (optional value)height=4title=bigwigmin_value=0max_value=30[spacer]# this simply adds an small space between the two tracks.[genes]file=genes.bed.gzheight=7title=genesfontsize=10file_type=bedgene rows=10[x-axis]fontsize=10

$ pyGenomeTracks --tracks bigwig_with_genes.ini --region X:2,800,000-3,100,000 -o bigwig_with_genes.png

现在，我们将在所有轨道上添加一些垂直线。垂直线应为床格式。

$ conda install -c bioconda pygenometracks

$ conda install -c bioconda pygenometracks

您也可以覆盖有或没有透明度的大人物。

$ conda install -c bioconda pygenometracks

$ conda install -c bioconda pygenometracks

具有峰值的示例

pygenometracks可以选择使用macs2窄峰格式绘制峰值。

下面是峰值形状为 根据峰的起点、终点、顶点和高度绘制。

$ conda install -c bioconda pygenometracks

具有HI-C数据的示例

下面是一个具有拓扑关联域（TADS）和bigwig文件的HI-C数据覆盖的示例。

$ conda install -c bioconda pygenometracks

$ conda install -c bioconda pygenometracks

带有epilogos的示例

pygenometrack可用于将表观遗传状态（例如从chromhmm）可视化为表观遗传。有关更多信息，请参见：https://epilogos.altiusinstitute.org/

要绘制epilogos，需要一个qcat文件。此文件可以使用epilogos软件打包（https://github.com/altius/epilogos）。

epilogos的跟踪文件示例如下：

$ conda install -c bioconda pygenometracks

可以使用json文件设置条形图的颜色。文件的结构如下

$ conda install -c bioconda pygenometracks

在下面的示例中，顶部epiLogo具有自定义颜色，下面的一个显示为反向。

$ conda install -c bioconda pygenometracks

具有多个选项的示例

在我们的自动测试中，可以找到一个完整的pygenometrack示例。 请注意，pygenome跟踪还允许使用参数将多个跟踪合并为一个跟踪：overlay previous=yes或overlay previous=share-y。 在第二个选项中，覆盖的轨迹的y轴与正在覆盖的轨迹相同。多个曲目可以叠加在一起。

此图像的配置文件在此处

具有多个bigwig轨迹选项的示例

此映像的配置文件在这里是

具有HI-C数据的示例

在这些示例中，覆盖轨迹更有用。注意，任何轨道都可以覆盖在HI-C MA上特里克斯最有用的方法是使用三角形覆盖tads或覆盖链接 它将在hi-c矩阵中指向与链接接触的像素。当覆盖链接和tads时，可以设置overlay previous=share-y以便两个轨迹匹配位置。这不是 当覆盖其他类型的数据（如具有不同Y刻度的Bigwig文件）时需要。

此映像的配置文件在此处

添加新曲目

向pygenometracks添加新曲目只需要向pygenometracks/tracks文件夹添加一个新类。 该类应继承genometrack（或其他可用的track类），并应具有plot方法。 此外，还应添加一些基本说明。

例如，要制作一个在给定位置打印"hello world"的轨迹，如下所示：

$ pip install pyGenomeTracks

$ pip install pyGenomeTracks

$ pip install pyGenomeTracks

$ pip install pyGenomeTracks

$ pip install pyGenomeTracks

$ pip install pyGenomeTracks