蟒蛇接口
pychembldb的Python项目详细描述
pychembldb是chembldb的python接口
要求
- Python2.7或更高版本（不支持3.x）
- mysql python>；=1.2.4或psycopg2>；=2.5.1
- sqlalchemy>；=0.8.0b2
化学数据库
- pychembldb-0.1.x支持chembl_14
- pychembldb-0.2.x支持chembl_15和chembl_16
- pychembldb-0.3.x支持chembl_17、18、19
设置
安装
pip install pychembldb
或从github安装
git clone https://github.com/kzfm/pychembldb.git cd pychembldb sudo python setup.py install
设置引擎url
如果更改engine_url，则应设置chembl_uri环境变量（默认值：mysql://root@localhost/chembl_18）
例如）PostgreSQL
export CHEMBL_URI="postgresql+psycopg2://localhost/chembl_18" or export CHEMBL_URI="postgresql+psycopg2://USER:PASSWORD@localhost/chembl_18"
基本用法
from pychembldb import *
for target in chembldb.query(Target).filter_by(pref_name="Tyrosine-protein kinase ABL"):
for assay in target.assays:
for activity in assay.activities:
print activity.published_value, activity.compound.molecule.structure.standard_inchi_key
示例
根据目标（蛋白质）过滤活性和化合物结构。
from pychembldb import *
for target in chembldb.query(Target).filter_by(pref_name="Tyrosine-protein kinase ABL"):
for assay in target.assays:
for activity in assay.activities:
print activity.published_value, activity.compound.molecule.structure.standard_inchi_key
从journal id（doi）中搜索活动和复合结构。
for journal in chembldb.query(Doc).filter_by(doi="10.1016/S0960-894X(01)80693-4"):
for assay in journal.assays:
for activity in assay.activities:
print activity.published_value, activity.compound.molecule.structure.standard_inchi_key
从分子同义词中得到微笑。
chembldb.query(MoleculeSynonym).filter_by(synonyms="Gleevec").first().molecule.structure.canonical_smiles # 'CN1CCN(Cc2ccc(cc2)C(=O)Nc3ccc(C)c(Nc4nccc(n4)c5cccnc5)c3)CC1'
计算对医疗化学有利的化合物的数量。
chembldb.query(CompoundProperty).filter_by(med_chem_friendly='Y').count()
另请参见。
历史记录
0.3.6（2014-09-02）
- 支持Chembldb 19
0.3.4（2014-06-07）
- 更新文档
- 支持空中交通管制分类
0.3.3（2014-06-06）
- 支持Chembldb 18
0.3.2（2014-01-13）
- 修复错误
0.3.1（2013-12-17）
- 支持Chembldb 17
0.2.1（2013-06-15）
- 支持Chembldb 16
0.2.0（2013-02-03）
- 支持Chembldb 15
0.1.1（2013-01-29）
- 几个错误修复程序
- 添加同义词关系
0.1（2013-01-29）
- 首次发布
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