从原子轨道生成粗粒度分子动力学模型。
pycgtool的Python项目详细描述
PyCGTOOL公司
从原子轨道生成粗粒度的分子动力学模型。在
本计画的目的是提供一个工具来协助粗颗粒（CG）分子力学模型的参数化。 PyCGTOOL使用用户提供的映射从原子模拟轨迹生成粗粒度模型。 通过Boltzmann反演输入轨迹中的键分布，计算键合项的平衡值和力常数。在
或者，可以使用纯映射模式（类似于MARTINIZE）来生成初始坐标，以便与现有的CG拓扑（例如MARTINI lipid模型）一起使用。 例如，预平衡的原子膜可用于创建MARTINI膜模拟的起始坐标。在
PyCGTOOL通过对配置文件进行简单的更改，可以轻松地测试映射和绑定拓扑中的多个变体。在
如果您认为这是有用的，请引用为：
Graham, J. (2017). PyCGTOOL, https://doi.org/10.5281/zenodo.598143
安装
PyCGTOOL需要Python 3.6或更高版本，可以使用pip安装：
^{pr2}$macOS上的MDTraj
在某些版本的macOS上，使用Clang编译器的某些版本，MDTraj可能无法加载GROMACS-XTC模拟轨迹。 如果遇到此问题，请确保您具有MDTraj的最新版本。在
有关详细信息，请参阅MDTraj/#1572。在
使用
PyCGTOOL的输入是拓扑形式的原子模拟轨迹（例如PDB、GRO等）和轨迹文件（例如XTC、DCD等），以及两个自定义文件：MAP和BND。 这些文件分别提供原子到CG的映射和绑定拓扑。在
示例文件位于test/data目录中。 这些文件的格式在full documentation中描述。在
有关详细信息，请参见the tutorial。 对任何新的参数集执行验证是很重要的；在本教程的末尾有一个简单的示例。在
有关选项的完整列表，请参阅documentation或使用：
pycgtool -h
生成模型
从原子模拟生成CG模型：
pycgtool <topology file> <trajectory file> -m <MAP file> -b <BND file>
仅地图
要使用PyCGTOOL将一组原子模拟坐标转换为CG坐标，请执行以下操作：
pycgtool <topology file> -m <trajectory file>
或转换完整的模拟轨迹：
pycgtool <topology file> <trajectory file> -m <MAP file>
维护人员
詹姆斯·格雷厄姆（@jag1g13）
贡献
如果您在使用PyCGTOOL时遇到问题或希望看到添加的新功能，请open an issue或提交一份PR
为了帮助开发PyCGTOOL，您可以创建这个存储库的一个fork，克隆fork并使用以下方法安装PyCGTOOL：
poetry install
这将在可编辑模式下安装PyCGTOOL（类似于pip install -e .），以及所有必要的运行时和开发依赖项。
存储库根目录下的Makefile包含运行单元和集成测试（make test）和linting（make lint）的目标。在
许可证
GPL-3.0©詹姆斯·格雷厄姆，南安普顿大学
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