pyabf 2.1.9

pyabf：纯python abf文件读取器

pyabf以axon二进制格式（abf）为电生理文件提供了一个python接口。 Pyabf支持Python2.7和Python3.6+，并且不使用晦涩的库 （只有标准库加上numpy和matplotlib）。Pyabf支持读取 abf1和abf2文件，并可以写入abf1文件。

链接

• pyABF Homepage (GitHub)
• Getting Started with pyABF
• Unofficial Guide to the ABF File Format

快速启动

安装或升级pyabf:

pip install --upgrade pyabf

访问ABF扫描数据：

importpyabfabf=pyabf.ABF("demo.abf")abf.setSweep(3)print(abf.sweepY)# sweep data (ADC)print(abf.sweepC)# sweep command (DAC)print(abf.sweepX)# sweep times (seconds)

使用matplotlib绘制扫描：

importmatplotlib.pyplotaspltimportpyabfabf=pyabf.ABF("17o05028_ic_steps.abf")abf.setSweep(14)plt.plot(abf.sweepX,abf.sweepY)plt.show()

喜欢matplotlib:

importmatplotlib.pyplotaspltimportpyabfabf=pyabf.ABF("sample.abf")plt.figure(figsize=(8,5))forsweepNumberinrange(abf.sweepCount)[::5]:abf.setSweep(sweepNumber)plt.plot(abf.sweepX,abf.sweepY,alpha=.5,label="sweep %d"%(sweepNumber))plt.legend()plt.ylabel(abf.sweepLabelY)plt.xlabel(abf.sweepLabelX)plt.title("pyABF and Matplotlib are a great pair!")plt.show()

其他示例

完整的Pyabf API文档，附加代码示例，Pyabf食谱， 关于abf文件格式的低级信息可以在pyabf中找到 项目主页：https://github.com/swharden/pyABF

引用pyabf

如果Pyabf模块有助于您的研究，请考虑按名称引用此项目，以便它也能使其他人受益：

“Computational analysis of electrophysiological recordings was performed with custom software written for this project using Python 3.6 and the pyABF module.”

功能请求/不支持的ABF文件

如果有不受支持的abf文件（或读取错误） 通过这个软件，很可能是因为我们没有运行一个用例 到现在为止，让我们知道！我们只能开发和测试 这个软件是针对我们可以访问的abf文件的，所以如果你 有兴趣让您的abf文件支持发送主要作者 一封电子邮件（以及你试图分析的abf文件），我们将 调查一下。如果找到解决方案，pyabf包将 更新以使每个人都能从更改中受益。 我们只能为我们能接触到的ABF开发（和测试）。 所以我们非常感谢你的贡献！

作者