ProDy 1.10.10

概要

prody是一个免费的开放源码python包，用于蛋白质结构、动力学和 以及序列分析。它允许比较分析和建模 蛋白质结构动力学与序列共进化。快速灵活的PRODY api用于交互使用和应用程序开发。普罗迪也 提供了几个分析应用程序和图形用户界面 视觉分析。

生产

你可以在所有主要平台上运行prody。用于下载和安装 说明见：

• http://prody.csb.pitt.edu/downloads

文档

• 主页：http://prody.csb.pitt.edu/
• 教程：http://prody.csb.pitt.edu/tutorials
• 参考：http://prody.csb.pitt.edu/manual
• 应用程序：http://prody.csb.pitt.edu/manual/apps
• NMWIZ图形用户界面：http://prody.csb.pitt.edu/nmwiz
• 更改：http://prody.csb.pitt.edu/manual/release

源代码

• 源代码：https://github.com/prody/ProDy
• 问题跟踪器：https://github.com/prody/ProDy/issues

许可证

Prody可在麻省理工学院的许可下使用。有关详细信息，请参见license.txt。

生物ython（http://biopython.org/）kdtree和pairwise2模块分布在 和普罗迪在一起。Biopython是由Biopython财团开发的，可以使用 根据Biopython许可证（http://www.biopython.org/DIST/LICENSE）。

pyparsing（http://pyparsing.wikispaces.com/）模块与prody一起分发。 pyparsing是由paul t.mcguire开发的，可以在mit下使用 许可证（http://www.opensource.org/licenses/mit-license.php）。

argparse模块（http://code.google.com/p/argparse/）与prody一起分发。 argparse由steven j.bethard开发，可在python下使用 软件基金会许可证。

cealign模块（https://pymolwiki.org/index.php/Cealign_plugin）已分发 和普罗迪在一起。最初的ce方法是由ilya shindyalov和philip开发的 伯恩。prody使用的python版本是由jason vertrees开发的 并在新的BSD许可证下提供。