pro_clash 0.53

简单映射

第一步是将读取结果映射到基因组。在这个自述文件中，假设读取是成对结束的，但所有命令都将用于单端映射。

使用：

$ map_single_fragments.py  genome.fa -g annotations.gff -1 lib1_1.fastq[.gz] lib2_1.fastq[.gz] lib3_1.fastq[.gz] -2 lib1_2.fastq[.gz] lib2_2.fastq[.gz] -d output_dir -o output_head [-r] -m max_mismatches

这个脚本使用bwa将读取结果映射到基因组。可以为每个库指定两个文件，也可以使用-2或仅使用-1指定一个文件。-2中库的顺序应与-1中的顺序相同，但如果某些库是单端排序的，则顺序可能更短（在本例中，单端应该是-1列表中的最后一个）。可以更改其他参数，请参见-h以获取其他帮助。