一个免费的开源python工具,用于fmri数据的人口接收场模拟。
prfsim的Python项目详细描述
#Pyprf
[![活页夹](https://mybinder.org/badge.svg)(https://mybinder.org/v2/gh/arash-ash/prfsim/master?filepath=prfsim_tutorial.ipynb)
<;img src=“logo.svg”width=200 align=“right”/>;
>一个免费的开放源码*python包*用于*人口接受域(prf)模拟*。该软件包主要用于功能磁共振成像(fmri)实验。
按照以下方式:
``bash
pip install prfsim
````
只需按照上面的安装说明操作即可。
prfsim dependencies tested version
——| 0.22.0
[scipy](http://www.scipy.org/)1.0.0
[seaborn](https://seaborn.pydata.org/)0.8.1
[枕头](https://heoph.readthedocs.io/)5.0.0
贡献
我们建议执行以下步骤:
*创建自己的分支(在Web界面中,或通过“git checkout-b new_branch”创建)
*如果在Web界面中创建分支,将更改拉到本地存储库(`git pull`)
*更改为新分支:`git checkout new廑branch`
*进行更改
*将更改提交到新分支(`git add.`and`git commit-m`)
*将更改推到新分支(`git push origin new廑branch`)
*使用Web界面创建拉请求
申请基于以下工作:
[1]Dumoulin,S.O.和Wandell,B.A.(2008)。人类视觉皮层的群体感受野估计。神经影像39,647–660。
支持
如有疑问或错误报告,请使用[github问题](https://github.com/arash-ash/prfsim/issues)来回答问题或错误报告。
/>许可
该项目是在[gnu通用公共许可第3版(http://www.gnu.org/licensenses/gpl.html)下获得许可的[gnu通用公共许可第3版(http://www.gnu.org/licenses/licenses/gpl.html)下获得许可的。
/>如何使用
`` bash
`` bash 导入作为np的核,实验参数
半径=10
精度=0.1
barwidth=radius/4
角度=[-90,45,--180,315,90,225,0,135]
nframes=len(角度)*3
tr=3.0
trs=5,每帧的trs数
持续时间=nframes*trs
x,y=np.mgrid,半径:半径:半径精确性,半径:半径:半径:精度
pos=np.dstack((x,y))
len长=len(x[0])
nvoxels=6
;双伽玛分布函数hrf参数:
n1=4
lmbd1=2.0
t01=0
n2=7
lmbd2=3
t02=0 0
a=0.3
t=np.arange(0,nframrame=0
nvoxels=6
;双伽玛分布函数hrf参数hrf:
n1 1=4
1=4
s*trs*tr,tr)
hrf_gen=psim.hrf_double_gamma(t,n1,n2,lmbd1,lmbd2,t01,t02,a)
hrf_est=hrf_gen
stim=psim.generatestim(半径=半径,精度=精度,
barwidth=barwidth,角度=角度,
nframes=nframes,长度=长度,
tr tr=tr,trs=trs,ischeckerboard=false)
print('刺激产生')
neuronal_responses=psim.getneuronal response(stim=stim,nvoxels=nvoxels,
radius=radius,precision=precision,
duration=duration)
print('神经反应产生')
=psim.generatedata(神经元反应=神经元反应,
hrf=hrf生成,
持续时间=持续时间,nvoxels=nvoxels)
打印(“粗体反应生成”)
print('prf estimations started…')
results=psim.estimateAll(bolds=bolds,stim=stim,
hrf=hrf est,radius=radius,
precision=precision,
nvoxels=nvoxels,margin=1)
print('prf estimation errors generated')
`````
[![活页夹](https://mybinder.org/badge.svg)(https://mybinder.org/v2/gh/arash-ash/prfsim/master?filepath=prfsim_tutorial.ipynb)
<;img src=“logo.svg”width=200 align=“right”/>;
>一个免费的开放源码*python包*用于*人口接受域(prf)模拟*。该软件包主要用于功能磁共振成像(fmri)实验。
按照以下方式:
``bash
pip install prfsim
````
只需按照上面的安装说明操作即可。
prfsim dependencies tested version
——| 0.22.0
[scipy](http://www.scipy.org/)1.0.0
[seaborn](https://seaborn.pydata.org/)0.8.1
[枕头](https://heoph.readthedocs.io/)5.0.0
贡献
我们建议执行以下步骤:
*创建自己的分支(在Web界面中,或通过“git checkout-b new_branch”创建)
*如果在Web界面中创建分支,将更改拉到本地存储库(`git pull`)
*更改为新分支:`git checkout new廑branch`
*进行更改
*将更改提交到新分支(`git add.`and`git commit-m`)
*将更改推到新分支(`git push origin new廑branch`)
*使用Web界面创建拉请求
申请基于以下工作:
[1]Dumoulin,S.O.和Wandell,B.A.(2008)。人类视觉皮层的群体感受野估计。神经影像39,647–660。
支持
如有疑问或错误报告,请使用[github问题](https://github.com/arash-ash/prfsim/issues)来回答问题或错误报告。
/>许可
该项目是在[gnu通用公共许可第3版(http://www.gnu.org/licensenses/gpl.html)下获得许可的[gnu通用公共许可第3版(http://www.gnu.org/licenses/licenses/gpl.html)下获得许可的。
/>如何使用
`` bash
`` bash
半径=10
精度=0.1
barwidth=radius/4
角度=[-90,45,--180,315,90,225,0,135]
nframes=len(角度)*3
tr=3.0
trs=5,每帧的trs数
持续时间=nframes*trs
x,y=np.mgrid,半径:半径:半径精确性,半径:半径:半径:精度
pos=np.dstack((x,y))
len长=len(x[0])
nvoxels=6
;双伽玛分布函数hrf参数:
n1=4
lmbd1=2.0
t01=0
n2=7
lmbd2=3
t02=0 0
a=0.3
t=np.arange(0,nframrame=0
nvoxels=6
;双伽玛分布函数hrf参数hrf:
n1 1=4
1=4
s*trs*tr,tr)
hrf_gen=psim.hrf_double_gamma(t,n1,n2,lmbd1,lmbd2,t01,t02,a)
hrf_est=hrf_gen
stim=psim.generatestim(半径=半径,精度=精度,
barwidth=barwidth,角度=角度,
nframes=nframes,长度=长度,
tr tr=tr,trs=trs,ischeckerboard=false)
print('刺激产生')
neuronal_responses=psim.getneuronal response(stim=stim,nvoxels=nvoxels,
radius=radius,precision=precision,
duration=duration)
print('神经反应产生')
=psim.generatedata(神经元反应=神经元反应,
hrf=hrf生成,
持续时间=持续时间,nvoxels=nvoxels)
打印(“粗体反应生成”)
print('prf estimations started…')
results=psim.estimateAll(bolds=bolds,stim=stim,
hrf=hrf est,radius=radius,
precision=precision,
nvoxels=nvoxels,margin=1)
print('prf estimation errors generated')
`````