poreplex 0.4.1

孔丛

牛津纳米孔直接rna测序（drs）数据的信号级预处理器。 poreplex在进行下游分析之前需要执行许多预处理步骤 用于RNA生物学，并以随时可用的形式生成处理过的数据。

功能

• 解复用条形码直接rna测序库
• 修剪3'适配器序列
• 过滤伪融合读取
• 使用ontalbacore进行基本呼叫（甚至比albacore本身更快）
• 在排序过程中，实时基址调用和处理
• 使用minimap2的实时读取对齐
• 实时报告的全屏仪表板视图
• 各种现成的输出格式

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安装

poreplex需要python 3.5+和pip才能安装。 这个pip命令安装带有其基本依赖项的poreplex。您可以使用 遵循命令。

pip install poreplex

要将其与所有可选依赖项（albacore除外）一起安装，请使用以下命令 命令：

pip install 'poreplex[full]'

附加（可选）依赖项

作为输入，poreplex需要使用 提前ontalbacore。 或者，poreplex也可以在 如果albacore包是 可从环境中获得。

快速启动

从一堆fast5文件生成不带3'适配器序列的fastq文件。

poreplex -i path/to/fast5 -o path/to/output --trim-adapter

四个直接的rna测序库可以进行条形码、集合和测序。 一起。porplex可以将库分解成单独的fastq文件。

poreplex -i path/to/fast5 -o path/to/output --trim-adapter --barcoding

此外，poreplex可以创建包含到 原来的fast5文件，由条形码单独组织。

poreplex -i path/to/fast5 -o path/to/output --trim-adapter --barcoding --fast5

以防Fast5Files还没有被基址调用，只是一个开关 在内部调用albacore。多核机器帮助。

poreplex -i path/to/fast5 -o path/to/output --trim-adapter --barcoding --fast5 --basecall --parallel 40

使用--live开关，可以在读取时立即处理所有任务 由Minknow生产。

poreplex -i path/to/fast5 -o path/to/output --trim-adapter --barcoding --basecall --parallel 40 --live

可能需要将对齐的读取直接输出到BAM文件，而不是 FastQ输出。poreplex将处理后的读取流到minimap2并更新 BAM实时输出。使用 必须为此提供minimap2。

poreplex -i path/to/fast5 -o path/to/output --trim-adapter --barcoding --basecall \
  --parallel 40 --live --align GRCz11-transcriptome.mmidx

如果您打开仪表板开关，将提供更生动的反馈。

poreplex -i path/to/fast5 -o path/to/output --trim-adapter --barcoding --basecall \
  --parallel 40 --live --align GRCz11-transcriptome.mmidx --dashboard

poreplex检测可能来自 如果给出了--filter chimera，则信号分割不足。这个 提高了解复用的整体精度。

pip install poreplex

pip install poreplex

pip install poreplex

pip install poreplex

pip install poreplex

pip install poreplex

pip install poreplex