pleione:校准基于规则模型的统计和多目标策略
pleione的Python项目详细描述
#请注意
pleione是一个python3包,它实现了 传统的建模框架,并应用它们来分析基于规则的模型。
在这里,您将找到安装和使用 普莱恩。目前,pleione参数化了基于规则的模型 在bionetgen(https://www.csb.pitt.edu/Faculty/Faeder/?page_id=409)或kappa 语言(https://www.kappalanguage.org/)。模型用bng2模拟 (https://github.com/RuleWorld/bionetgen,PMID 27402907),NFSIM 卡西姆(https://github.com/RuleWorld/nfsim,PMID 26556387) (https://github.com/Kappa-Dev/KaSim,PMID 29950016)或比萨 (https://github.com/DLab/PISKaS,采购经理人指数29175206)。请联系我们或写一封 包含您最喜欢的随机模拟到pleione的问题 (https://github.com/glucksfall/pleione/issues)。
Pleone实现了一个具有精英主义的遗传算法,与此相反 bionetfit(https://github.com/RuleWorld/BioNetFit,pmid 26556387)表示 在逆分布概率内实现父选择 到级别。尽管如此,pleione的参数化基于规则的模型的方法 包括两者,与选择模型的秩概率一致或相反 在一个精英或者所有的模特里面。
运行pleione的示例位于https://github.com/glucksfall/pleione/tree/master/example 以及在python分发控制盘中。带有U型试验临界值的表为 位于同一文件夹和子文件夹中。
将方法添加到昴宿星的计划(https://github.com/glucksfall/pleiades) 包括灵敏度分析和使用粒子的参数化 群优化协议。如果你想把方法添加到 帮助他们发展。