具有位点特异翻译率的基因表达的随机模拟
pinetree的Python项目详细描述
松树
具有密码子特异性翻译速率的柔性基因表达仿真器。
要求
Pinetree需要Python、Python和现代C++编译器。建议使用python 3。安装
要从pypi安装最新稳定版本的pinetree，请运行以下命令：
pip3 install cmake # CMake must be installed before installing pinetree
pip3 install pinetree
最新的开发版本可以从github安装，如下所示：
pip3 install cmake
git clone https://github.com/benjaminjack/pinetree.git
cd pinetree
pip3 install .
文档
完整的文档here可用。
您也可以从源代码构建文档。创建文档需要sphinx。
pinetree/setup.py build_sphinx
从手稿复制情节
这个储存库包含了脚本来重现描述松树的手稿中的模拟和绘图。生成图需要r和r包cowplot、readr、dplyr和stringr。运行以下命令复制手稿中的绘图：
python3 ./examples/three_genes.py
python3 ./examples/three_genes_recoded.py
Rscript plots.R
要模拟噬菌体T7感染，请运行以下脚本。
# WARNING: This simulation takes approximately 2-3 hours to complete
python3 ./examples/phage_model.py
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