pims_nd2 1.0

安装

pims_nd2在windows、linux和osx系统上实现。获得 最新稳定版本，通过pypi安装：

pip install pims_nd2

nd2 sdk二进制文件包含在包中，并将复制到 pims_nd2包文件夹。

依赖关系

此读取器需要pims 版本0.3.0。

示例

下面的代码打开一个电影文件并显示一个帧。请注意 只有在必要时才实际读取帧：

from pims import ND2_Reader
frames = ND2_Reader('some_movie.nd2')
frames[82]  # display frame 82
frames.close()

下面的代码打开包含在 打包并遍历前3帧。注意，我们使用 这里是上下文管理器。我们告诉读者哪一个轴反复迭代。 在一个帧中包括哪些轴。我们还选择了 阅读。

from pims import ND2_Reader
with ND2_Reader('cluster.nd2') as frames:
    frames.iter_axes = 't'  # 't' is the default already
    frames.bundle_axes = 'zyx'  # when 'z' is available, this will be default
    frames.default_coords['c'] = 1  # 0 is the default setting
    for frame in frames[:3]:
        # do something with 3D frames in channel 1

使用读卡器的最佳方法是使用上下文管理器。如果你没有 使用上下文管理器，确保在最后调用frames.close()。 你的剧本

元数据访问可以在两个级别上完成：读卡器级别和帧级别。

frames.metadata['mpp']  # calibration in microns per pixel
frames[0].metadata['t_ms']  # time of frame in milliseconds

补助金

这本书是卡斯珀·范·德威尔作为其博士学位的一部分而开发的 在惠更斯-卡默林厄内斯大学的丹妮拉-卡夫特小组的论文工作 荷兰莱顿大学物理研究所实验室。 这项工作得到了荷兰科学组织的支持。 研究（NWO/OCW）。