计算有机晶体线性和非线性光学性质的脚本集
chi1chi2的Python项目详细描述
程序的目的是计算线性（折射率）和非线性（chi（2） 有机晶体的光学性质。
内容
Installation
简单路径带Docker图像：
workdir=$（pwd）或您选择的任何其他目录
docker run-v$（workdir）：/chi1chi2-it到ks86/python-chi1chi2 bash
硬路径
warning：手动安装并使程序达到其全部功能 即使在Linux中也需要相当多的专业知识（我不保证它是 可以在任何其他操作系统中运行），这是一项非常艰巨的任务。
- 确保已安装：
- 格夫特兰
- python 3.6
- 打开“宝贝”
- 安装：
- pip安装chi1chi2
- 对于Fortran程序，存储库中提供了一个makefile： make命令在build/目录中生成程序
Description
整个程序由一组需要按顺序执行的脚本组成。
有四个主要步骤：
- 输入准备（可选-几何优化）
- 分子亚单位计算的光学性质
- 体积性质的计算
- 结果分析
此文件的目的是引导用户完成所有这些步骤。
Step 1 - Input preparation
- 从CIF（简易路径）
使用chi.from_cif获得几何图形，以便使用e.g.晶体09/14/进行进一步优化。
- 从分数坐标
使用chi.from_fra脚本（请参见：examples/mna_cif.fra，examples/mna_cif2.fra以查看约定） （记住要调整对称操作！）
- 手动
参见惯例示例
Step 1a after geometry optimization
- 使用chi.from_crystal脚本调整crystal几何优化后的坐标和费用
- 运行chi.input_preparator脚本获取输入文件：
- charge\u generator程序（示例用法：charge\u generator<；chg1.inp）
- 带有lorentz程序的lorentz张量（示例用法：lorentz<；lorentz.inp>；l.dat）
Step 2 - property calculation
使用一组电荷、几何图形并遵循您喜欢的特性计算过程。 其他shell脚本可以在以后的版本中提供。
Helpers
- 有两个助手脚本可用于分子计算：
- read g09.py用于在qc计算之后读取分子特性
- scale props.py用于使用引用计算缩放静态属性
注意：这些脚本最小化了对项目库的依赖，这样它们就可以 用作外部mach上的独立脚本行
Examples
请参阅examples/examples.pdf以遵循集成测试中使用的步骤。 用于测试的文件位于tests/integration目录中：
- input作为起点
- 需要作为引用
示例gaussian09计算输入文件可以在examples/mna.com中找到
Version history
- 0.1.0-首次发布（2019年1月31日）
- 0.1.1-增加Q-LFT计算支持（2019年2月5日）
- 0.1.2-PYPI上的小自述修复（2019年2月6日）
- 0.2.0-核心计算分析-以表格形式报告（2019年3月9日）
- 0.2.1-属性缩放辅助对象（2019年3月27日）
Release plans
- 是吗？.？.？-折射率色散
- 是吗？.？.？-相位匹配图
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