PIMS 0.4.1

PIMS解决了什么问题？

科学视频可以以多种方式打包：常见的视频格式 例如.avi和.mov，满是编号图像的文件夹，或tiff的“堆栈” 图像。每一个都需要一个单独的python模块。还有，一次 加载后，它们有不同的方法访问单个图像， 批量遍历图像，访问特定范围，或 处理多维文件。PIMS可以使用 一致的接口，处理不同输入之间的差异 看不见。

PIM可读的格式包括：*still的目录或zipfiles 图像（大多数格式，包括tiff、jpeg、png、bmp）和tiff堆栈 *由Bio-formats project支持的显微镜图像， 包括徕卡，尼康，奥林巴斯和蔡司格式。需要单独 安装；见下文。*支持的电影格式和编解码器 ffmpeg，包括avi、quicktime mov和h.264（mp4）。可能需要 单独安装；见下文。*视觉研究的电影文件 摄像机*来自Norpix streampix软件的序列文件

PIMS基于读者：* scikit-image* matplotlib* scipy* ffmpeg和 PyAV（视频格式，如avi， mov）*jpype（接口 生物格式）* Pillow（改进的tiff 支架）*libtiff （其他TIFF支持）* tifffile （备选TIFF支持）* pims_nd2（改良尼康 .nd2支持）*imageio（a 读写多种格式的多用途阅读器包）* moviepy（一个python模块 支持视频编辑）

示例和文档

一切都在this IPython notebook中演示。

**Read the documentation**用于 安装说明、示例和进一步参考。

核心贡献者

• daniel allan创建贡献者、切片和迭代逻辑， 基本读取器，显示工具
• thomas caswell主要重构，抽象基类
• casper van der wel生物格式阅读器，显示工具
• thomas dimiduk文件类型检测调度逻辑

支架

这个软件包的一部分是由daniel allan开发的，作为他的博士学位的一部分。 约翰大学罗伯特L.莱尼小组的微流变学论文研究 位于马里兰州巴尔的摩的霍普金斯大学。这项工作得到了 国家科学基金会，批准号：CBET-1033985。后期工作 得到布鲁克海文国家实验室的支持。丹可以通过 dallan@bnl.gov。

这个包的一部分是由thomas a caswell开发的，另一部分是他的 Sidney R Nagel和Margaret L Gardel的博士论文 芝加哥大学，伊利诺伊州芝加哥。这项工作得到了部分支持 由NSF批准DMR-1105145和NSF-MRSEC DMR-0820054。后来的工作是 在布鲁克海文国家实验室的支持下，汤姆可以通过 tcaswell@gmail.com。

这个包的一部分是casper van der wel开发的，作为他的一部分 在惠更斯-卡默林厄内斯大学的丹尼拉-卡夫研究小组做博士论文 荷兰莱顿大学物理研究所实验室。 这项工作得到了荷兰科学组织的支持。 研究（NWO/OCW）。