晶体多面体最小包围椭球及相关性质的计算程序
pieface的Python项目详细描述
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Polyhedra Inscribing Ellipsoids For Analysis of Coordination Environments (PIEFACE)
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.. 图片::https://readthedocs.org/projects/pieface/badge/?version=latest
:目标:http://pieface.readthedocs.io/en/latest/?徽章=最新的
…图片::https://travis-ci.org/jcumby/pieface.svg?branch=master
:target:https://travis c i.org/jcumby/pieface
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简介
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**p**\p olyhedra**i**\nscribing**e**\llipsoids**f**\or**a**\a nalysis of**c**\oordination**e**\nvironments(或pieface)是一个开源的python项目,用于化学配位多面体畸变的
分析是用最小包围椭球(mbe)方法实现的,最小体积椭球可以包围所有的多面体顶点。
结果非常一般,与多面体大小或扭曲的本质。因此,该方法已应用于一系列晶体
情况。
在windows上,最简单的方法是下载并运行最新的pieface windows安装程序'release<;https://github.com/jcumby/pieface/releases/latest>;` `.
===========
pieface是开源的,在"mit许可证"下发布,http://pieface.readthedocs.io/en/latest/license.html>;`.
Cumby和J.P.Attfield,《配位多面体的椭球分析》,Nature Communications 14235(2017年)。
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基本用途
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Pieface提供了两个实用程序,以方便使用;一个命令行程序(``CIFELSPID``)和一个图形界面(``ELSPIDgui``)。
它们允许读取一个或多个CIF文件,确定协调多面体,并安装椭球体。生成的椭球
参数可以保存到文本文件中并以交互方式查看。
安装后,可以通过在命令行中键入"椭球图形用户界面"或单击"开始"菜单图标(如果使用"Windows安装程序"安装<;https://github.com/jcumby/pieface/releases/latest>;`` ux.
这将生成椭球体参数的输出文件(cif.txt)和椭球体的三维绘图,其中包含有用椭球体参数的摘要。
还提供了许多其他选项;键入"cifislipid--help"了解详细信息,从"elpidgui"中打开"帮助"或查看"脚本帮助"。
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高级使用
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对于更复杂的用例,可以将包导入并用作python包:
导入pieface
phases,plots=pieface.calcellipsoid.calcfromcif([cifs列表],[中心列表],**kwargs)
,默认情况下,它将并行处理所有cif文件(与脚本一样)。`` Kwargs``是"cifespoid"的许多选项;最重要的是
*ligtypes或lignames(为中心指定正确的配体)
*radius(为键搜索)
*tolerance(为配合公差)
为执行特定功能而导入(即"pieface.椭球体"):请阅读
sou中的文档RCE代码了解更多详细信息,或参见"API参考资料"示例
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参见"教程"可通过以下途径访问帮助:
*`联机文档<;http://pieface.readthedocs.io/>;````从"帮助"菜单
*`` cifislapid--help`
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测试
=
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包中包含一些基本单元测试,它可以运行:
所有测试都应该通过,没有例外-如果没有,请给我一个错误报告。
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=
免责声明
=
本软件是在尽最大努力的基础上按原样提供的。作者不承担与使用本软件有关的任何责任。
它已经在许多情况下测试了结果的准确性,但仅限于作者能想到的用途。我们很有兴趣听到任何关于新用途的建议,或对软件的潜在添加。
==
作者
==
james cumby-james.cumby@ed.ac.uk
_文件名:http://pieface.readthedocs.io/
…_简介:http://pieface.readthedocs.io/en/latest/introduction.html
。_教程:http://pieface.readthedocs.io/en/latest/tutorial.html
。_安装:http://pieface.readthedocs.io/en/latest/installation.html
…_下载:https://github.com/jcumby/pieface/releases/latest
…_脚本帮助:http://pieface.readthedocs.io/en/latest/script_input.html
…_ API参考:http://pieface.readthedocs.io/en/latest/api_reference.html
Polyhedra Inscribing Ellipsoids For Analysis of Coordination Environments (PIEFACE)
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.. 图片::https://readthedocs.org/projects/pieface/badge/?version=latest
:目标:http://pieface.readthedocs.io/en/latest/?徽章=最新的
…图片::https://travis-ci.org/jcumby/pieface.svg?branch=master
:target:https://travis c i.org/jcumby/pieface
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简介
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**p**\p olyhedra**i**\nscribing**e**\llipsoids**f**\or**a**\a nalysis of**c**\oordination**e**\nvironments(或pieface)是一个开源的python项目,用于化学配位多面体畸变的
分析是用最小包围椭球(mbe)方法实现的,最小体积椭球可以包围所有的多面体顶点。
结果非常一般,与多面体大小或扭曲的本质。因此,该方法已应用于一系列晶体
情况。
在windows上,最简单的方法是下载并运行最新的pieface windows安装程序'release<;https://github.com/jcumby/pieface/releases/latest>;` `.
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pieface是开源的,在"mit许可证"下发布,http://pieface.readthedocs.io/en/latest/license.html>;`.
Cumby和J.P.Attfield,《配位多面体的椭球分析》,Nature Communications 14235(2017年)。
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基本用途
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Pieface提供了两个实用程序,以方便使用;一个命令行程序(``CIFELSPID``)和一个图形界面(``ELSPIDgui``)。
它们允许读取一个或多个CIF文件,确定协调多面体,并安装椭球体。生成的椭球
参数可以保存到文本文件中并以交互方式查看。
安装后,可以通过在命令行中键入"椭球图形用户界面"或单击"开始"菜单图标(如果使用"Windows安装程序"安装<;https://github.com/jcumby/pieface/releases/latest>;`` ux.
这将生成椭球体参数的输出文件(cif.txt)和椭球体的三维绘图,其中包含有用椭球体参数的摘要。
还提供了许多其他选项;键入"cifislipid--help"了解详细信息,从"elpidgui"中打开"帮助"或查看"脚本帮助"。
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高级使用
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对于更复杂的用例,可以将包导入并用作python包:
导入pieface
phases,plots=pieface.calcellipsoid.calcfromcif([cifs列表],[中心列表],**kwargs)
,默认情况下,它将并行处理所有cif文件(与脚本一样)。`` Kwargs``是"cifespoid"的许多选项;最重要的是
*ligtypes或lignames(为中心指定正确的配体)
*radius(为键搜索)
*tolerance(为配合公差)
为执行特定功能而导入(即"pieface.椭球体"):请阅读
sou中的文档RCE代码了解更多详细信息,或参见"API参考资料"示例
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参见"教程"可通过以下途径访问帮助:
*`联机文档<;http://pieface.readthedocs.io/>;````从"帮助"菜单
*`` cifislapid--help`
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测试
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包中包含一些基本单元测试,它可以运行:
所有测试都应该通过,没有例外-如果没有,请给我一个错误报告。
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免责声明
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本软件是在尽最大努力的基础上按原样提供的。作者不承担与使用本软件有关的任何责任。
它已经在许多情况下测试了结果的准确性,但仅限于作者能想到的用途。我们很有兴趣听到任何关于新用途的建议,或对软件的潜在添加。
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作者
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james cumby-james.cumby@ed.ac.uk
_文件名:http://pieface.readthedocs.io/
…_简介:http://pieface.readthedocs.io/en/latest/introduction.html
。_教程:http://pieface.readthedocs.io/en/latest/tutorial.html
。_安装:http://pieface.readthedocs.io/en/latest/installation.html
…_下载:https://github.com/jcumby/pieface/releases/latest
…_脚本帮助:http://pieface.readthedocs.io/en/latest/script_input.html
…_ API参考:http://pieface.readthedocs.io/en/latest/api_reference.html