pg-lt:用于系统发生的自动化管道。
pglt的Python项目详细描述
PG LT(或Phylogenerator Light)是自动生成 通过大规模系统发育评估进行系统发育。它改编自 Phylogenerator(C)2013,由D.J.Bennett在附加帮助下编写 以及W.D.皮尔斯,L.哈德森和A.珀维斯的建议。
它利用外部程序生成系统发育和生物信息学, 这些是:Raxml(版权所有(c)Stamatakis 2013),Mafft(版权所有(c)2013 kazutaka katoh)ncbi的独立blast套件2.2.29+和在线api服务 (NCBI(c)2009版权所有)。它还使用以下python包: Biopython(版权所有Cook(c)2009),Dendropy(版权所有Sukumaran和Holder (c)2010)和税收名称Resovler(版权所有(c)Bennett 2014)。
有关如何使用pg lt的详细信息,请参阅其wiki: https://github.com/dombennett/pg lt/wiki 如有任何问题或意见,请随时发送电子邮件至: dominic.john.bennett@gmail.com。
版权所有(c)2015 Dominic John Bennett
此程序是免费软件;您可以在 自由软件发布的GNU通用公共许可条款 基金会;许可证的第2版,或(由您选择)以后的任何版本 版本。
这个程序的发布是希望它能有用,但是没有 保证;甚至没有对商品的适销性或适用性的暗示保证 特殊目的。有关更多详细信息,请参阅GNU通用公共许可证。
你应该收到一份GNU通用公共许可证的副本 这个程序;如果没有,写信给自由软件基金会,51富兰克林 美国马萨诸塞州波士顿市5楼大街,邮编:02110-1301。