参数估计表数据
petab的Python项目详细描述
系统生物学中参数估计问题的一种数据格式
此存储库描述petab--用于指定参数的数据格式 系统生物学中的估计问题，提供了一个python库 访问和验证petab文件。见 doc/documentation_data_format.md了解更多 信息。
关于PETAB
petab是围绕SBML构建的，基于制表符分隔的值 （TSV）文件。它是为 不在当前sbml范围内的参数估计。这包括 例如：
指定测量值并将其链接到模型
定义模型输出
指定噪波模型
为优化指定参数界限
指定具有潜在共享参数的多个模拟条件
参考文献
使用/支持petab的位置：
如果您的项目或工具正在使用petab，并且您希望将其列出 请告诉我们。
使用PETAB
如果你想自己使用petab，请看一下 doc/documentation_data_format.md或 中提供的示例模型 benchmark problem collection。
将现有的参数估计问题转换为PETAB格式， 必须：
在sbml中指定模型
使用
AssignmentRules建立模型输出和噪声模型，如中所述 petab文档如果合适，创建条件表
创建测量表
创建参数表
如果您使用的是python，petab库的一些方便的函数可以帮助您
你就这样。这还包括一个名为petablint.py的petab验证器，它
您可以用来检查您的文件是否符合petab标准。如果你有
有关PETAB的更多问题，请随时发布
issue在我们的github存储库中。
petab python库
petab附带了一个python包，用于创建、检查和使用 petab文件。这个库在pypi上可用，并且是最简单的安装方法 它正在运行
pip3 install petab
它需要Python3.6才能跑。
当建立一个新的参数估计问题时，最有用的工具将 比利时：
petab验证程序，现在使用python entrypoints自动安装到 可以从名为
petablintpetab.core.create_parameter_df创建参数表，一旦 已建立模型、条件表和测量表
扩展PETAB
我们意识到，善待动物组织未必能满足每个人的需要。如果你 有一个关于如何扩展petab的建议，可以在我们的 GitHub存储库。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
