perseuspy 0.3.8

安装（短）

pip install perseuspy

更新到最新版本

pip install --upgrade perseuspy

安装（Windows长）

首先通过在“开始”菜单中搜索cmd.exe打开终端。在这里我们很容易 检查是否安装了所有必需的程序。

1. 检查pip可执行文件是否已经可用。

   pip install perseuspy
   

   如果没有错误，你已经做了。如果失败，请继续下一步。

2. 导航到python安装的安装目录。如果安装了 例如，d:/programs/python/我们将首先更改驱动器号（可能不需要） 然后转到安装目录。

   D:
   cd Programs/Python
   

   现在我们应该可以从命令行运行python

   python.exe --version
   

   这将打印已安装的python版本

3. 导航到脚本目录并运行安装

   cd Scripts
   pip install perseuspy
   

   如果要升级安装，请运行

   pip install --upgrade perseuspy
   

4. 通过导航回python文件夹并尝试导入persupy来测试安装。

   cd ..
   python.exe
   

   现在您应该进入python解释器。通过运行检查安装。

   import perseuspy
   

   如果命令不产生任何错误，您可以通过按下退出 Python 。

5. 将python添加到路径（可选）。使珀尔修斯更容易找到Python 安装。有很多关于如何将程序添加到路径的在线资源。

用法

您可以像使用任何其他python模块一样使用persupy。

# import a monkey-patched version of pandasfromperseuspyimportpddf=pd.read_perseus('matrix1.txt')df2=df.dropna()df2.to_perseus('matrix2.txt')

插件模板

以下代码片段可用作起点 对于perseus中的python脚本。

importsysfromperseuspyimportpdfromperseuspy.parametersimport*_,paramfile,infile,outfile=sys.argv# read arguments from the command lineparameters=parse_parameters(paramfile)# parse the parameters filedf=pd.read_perseus(infile)# read the input matrix into a pandas.DataFramesome_value=doubleParam(parameters,'some value')# extract a parameter valuedf2=some_value/df.drop('Name',1)df2.to_perseus(outfile)# write pandas.DataFrame in Perseus txt format

网络插件模板

以下代码片段可用作起点 用于perseus中的python脚本（用于网络）。

importsysfromperseuspyimportnx,pd,read_networks,write_networks_,paramfile,infolder,outfolder=sys.argv# read arguments from the command linenetworks_table,networks=read_networks(infolder)# networks in tabular formgraphs=nx.from_perseus(networks_table,networks)# graphs as networkx objects_networks_table,_networks=nx.to_perseus(graphs)# convert back into tabular formwrite_networks(tmp_dir,networks_table,networks)# write to folder

生成文档

运行/generate_docs.shfrombash。

许可和贡献

Persuspy是麻省理工学院许可的。 欢迎投稿！如果您对代码或文档感兴趣， 请阅读CONTRIBUTING.rst。