pedsnet通用数据模型定义
pedsnetcdms的Python项目详细描述
#pedsnetcdms
用于cdm模型类和ddl自动生成的python应用程序。
pedsnet cdms应用程序为pedsnet、vocab、i2b2和pcornet cdms创建可导入python的sqlalchemy和django样式的模型。此外，可以从这些模型创建alembic和django迁移。alembic迁移可用于为所有四个cdm自动生成ddl文件。
pedsnetcdms应用程序基于json格式的模型声明性定义（可在models.json文件中找到）和从这些模型动态生成python类（可在dj_makers.py和sa_makers.py文件中找到）。生成函数用于每个cdm的models.py和sa_models.py文件，将模型类放在orms可以找到它们的地方。settings.py、alembic.ini和alembic/env.py文件只是orm模块配置。
##安装
一个pip install pedsnetcdms应该可以让您获得包含生成的模型和迁移的包，以便导入到您的python环境中。
但是，如果要自己生成ddl或直接在数据库上使用迁移，则必须克隆存储库并安装以下部分或全部python包及其（在某些情况下为非python）依赖项，具体取决于您使用的dbms：
- CX Oracle
- 心理2
- PymSql
- mysql python
这是留给读者的练习。（尽管也许有一个文档文件…公关任何人？）
##DDL文件
postgresql、oracle、sql server和mysql方言中所有四个cdm的ddl文件都可以在pedsnetcdms/ddloutput目录中找到。它们是假设的，所以如果你发现问题，请测试它们并发布一个问题。
##模型使用
django模型在pedsnetcdms.<CDM>.models上可用，sqlalchemy模型在pedsnetcdms.<CDM>.sa_models上可用，其中<CDM>应替换为以下之一：
- PEDSNETCDM
- itwobtowcdm
- VOCABCDM
- PCornetCDM
您还可以在djangoINSTALLED_APPS设置中包含这些应用程序中的任何一个。
##DDL生成
为了生成ddl，请从上面的列表中为dbms安装所需的包，克隆存储库并安装该包。
编辑所需cdm的pedsnetcdms/<CDM>/alembic/env.py文件，以限制将为其输出ddl的dbms（提示：在run_migrations_offline函数中元组的迭代列表）。
从pedsnetcdms包目录（文件所在的位置）中，运行alembic -n <CDM> upgrade head --sql并观看ddl文件的出现！
##直接迁移使用
如上所述，安装需求、克隆和安装软件包。
编辑alembic.ini或settings.py文件以指定要连接到的数据库uri（请注意，该设置在alembic.ini中的每个cdms节下重复）。
运行alembic -n <CDM> upgrade head或python manage.py migrate <CDM>。
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