愉快的蟒蛇血统操纵
pedagree的Python项目详细描述
谱系文件工具[PYPI版本]（https://badge.fury.io/py/pedagree.svg）（http://badge.fury.io/py/pedagree）
[！[构建状态]（https://travis-ci.org/brentp/pedagree.svg？branch=master）（https://travis ci.org/brentp/pedagree）
[！[文档状态]（https://readthedocs.org/projects/pedagree/badge/？版本=最新]（http://pedagree.readthedocs.org/en/latest/？Badge=最新）
快速启动
——
大多数用户只需要作为带有PED和VCF的命令行工具运行，例如：
```
python-m pedagree--plot——前缀ceph-1463 ceph1463.vcf.gz ceph1463.ped
````
het呼叫的等位基因频率差异更大。
overview
--
**注意**此模块以前命名为“peddy”。
`pedagree`是一个用于查询、qc'ing的python库，以及操作系谱文件。
至少n代
+在系谱中定义的给定关系的相关系数。
给定一个谱系文件和一个vcf文件，pedagree提供了一些工具：
+查找可能的样本混淆（或ped错误）
-x-chrom上的性混淆
-通过推断与vcf的关系来查找家庭混淆
+查找孟德尔错误
p=ped（'my.ped'my.ped'）
>
>gt>p=ped（'my.ped'my.ped'）
>>>>p>p.dot（p.dot）绘制graphviz的系谱图
>
>尚未发现任何明显的问题（3个父母，父母为男性，等等）。
>p.validate（p.validate）（p.validate）
>
>
>
>
n，受影响的数量，联合国，男性，男性，女性，女性等（列联表？）p.summary（p.summary）
>
>
>不可替代的p.sample s（p.samples）（p.samples）
>p.samples（表型=表型。受影响，性别=性别。性别。男性）p.samples（表型=表型。受影响，性别=性别。性别。p.samples）
>样本对象
>s=下一步（p.samples（））
>s.samples（p.samples）（p.samples（））
>s；s.sample表型
>>s.s.表型
>>>
>>>>>>>s.s.s.
>；>；s.妈妈
>；>；s.dad
>；>；s.signals
>；>；s.kids
````
质量控制
----
我们可以查找在ped文件中定义的关系
与从vcf中的基因型派生的关系不匹配的情况。
``python
>；>pedagree import ped
>；>p=ped（'court.ped'）
>；>df=p.ped检查（'court.vcf.gz'）
>；df[df.error]；显示样本对其中推断的与报告的不同。
```
[！[重新绘制]（http://pedagree.readthedocs.org/en/latest/\u images/ped check.png）（http://github.com/brentp/cyvcf2/）
一个明显的错误是当一个红色的点和蓝色的点聚集在一起时。＊BR/*＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊〕具有非常低的IsS0比率，表明它们可能是亲子对。
＞BR/>通过寻找Br/x染色体的非PAR区的杂合子频率，我们可以从VCF中确定性别：
Byth> Byth> Br/> Gt；& Gt；and gt；从PePosid导入Pb＞gt；p= pED（‘队列’，pED’）
& Gt；>；gt；p.sex_check（'court.vcf.gz'，plot=true）
…列出所有样本，并在x上标出het、homref、homalt的数目，这样也可以创建一个像这样的图像，在这里我们可以看到一个清晰的样本合成图。[性情节]（https://raw.githubusercontent.com/brentp/pedagree/master/images/sex-check.png）（http://github.com/brentp/cyvcf2/）
` pedagree“将酌情向stderr打印警告，例如：
````
系谱警告：'101811-101811'是父亲，但具有女性性别
系谱警告：'101897-101897'是父亲，但具有女性性别
系谱警告：'101896-101896'是自己的母亲
系谱警告：'102110-102110'是母亲，但具有男性性别
系谱警告：'102110-102110'是自己的母亲
系谱警告：'101381-101381'是父亲但有女性性别
系谱警告：'101393-101393'是母亲但有男性性别
未知样本：家庭102498-102498:k34175
未知样本：家庭11509-11509:k567331
未知样本：家庭5180-5180:k8565
```
[！[构建状态]（https://travis-ci.org/brentp/pedagree.svg？branch=master）（https://travis ci.org/brentp/pedagree）
[！[文档状态]（https://readthedocs.org/projects/pedagree/badge/？版本=最新]（http://pedagree.readthedocs.org/en/latest/？Badge=最新）
快速启动
——
大多数用户只需要作为带有PED和VCF的命令行工具运行，例如：
```
python-m pedagree--plot——前缀ceph-1463 ceph1463.vcf.gz ceph1463.ped
````
het呼叫的等位基因频率差异更大。
overview
--
**注意**此模块以前命名为“peddy”。
`pedagree`是一个用于查询、qc'ing的python库，以及操作系谱文件。
至少n代
+在系谱中定义的给定关系的相关系数。
给定一个谱系文件和一个vcf文件，pedagree提供了一些工具：
+查找可能的样本混淆（或ped错误）
-x-chrom上的性混淆
-通过推断与vcf的关系来查找家庭混淆
+查找孟德尔错误
p=ped（'my.ped'my.ped'）
>
>gt>p=ped（'my.ped'my.ped'）
>>>>p>p.dot（p.dot）绘制graphviz的系谱图
>
>尚未发现任何明显的问题（3个父母，父母为男性，等等）。
>p.validate（p.validate）（p.validate）
>
>
>
>
n，受影响的数量，联合国，男性，男性，女性，女性等（列联表？）p.summary（p.summary）
>
>
>不可替代的p.sample s（p.samples）（p.samples）
>p.samples（表型=表型。受影响，性别=性别。性别。男性）p.samples（表型=表型。受影响，性别=性别。性别。p.samples）
>样本对象
>s=下一步（p.samples（））
>s.samples（p.samples）（p.samples（））
>s；s.sample表型
>>s.s.表型
>>>
>>>>>>>s.s.s.
>；>；s.妈妈
>；>；s.dad
>；>；s.signals
>；>；s.kids
````
质量控制
----
我们可以查找在ped文件中定义的关系
与从vcf中的基因型派生的关系不匹配的情况。
``python
>；>pedagree import ped
>；>p=ped（'court.ped'）
>；>df=p.ped检查（'court.vcf.gz'）
>；df[df.error]；显示样本对其中推断的与报告的不同。
```
[！[重新绘制]（http://pedagree.readthedocs.org/en/latest/\u images/ped check.png）（http://github.com/brentp/cyvcf2/）
一个明显的错误是当一个红色的点和蓝色的点聚集在一起时。＊BR/*＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊〕具有非常低的IsS0比率，表明它们可能是亲子对。
＞BR/>通过寻找Br/x染色体的非PAR区的杂合子频率，我们可以从VCF中确定性别：
Byth> Byth> Br/> Gt；& Gt；and gt；从PePosid导入Pb＞gt；p= pED（‘队列’，pED’）
& Gt；>；gt；p.sex_check（'court.vcf.gz'，plot=true）
…列出所有样本，并在x上标出het、homref、homalt的数目，这样也可以创建一个像这样的图像，在这里我们可以看到一个清晰的样本合成图。[性情节]（https://raw.githubusercontent.com/brentp/pedagree/master/images/sex-check.png）（http://github.com/brentp/cyvcf2/）
` pedagree“将酌情向stderr打印警告，例如：
````
系谱警告：'101811-101811'是父亲，但具有女性性别
系谱警告：'101897-101897'是父亲，但具有女性性别
系谱警告：'101896-101896'是自己的母亲
系谱警告：'102110-102110'是母亲，但具有男性性别
系谱警告：'102110-102110'是自己的母亲
系谱警告：'101381-101381'是父亲但有女性性别
系谱警告：'101393-101393'是母亲但有男性性别
未知样本：家庭102498-102498:k34175
未知样本：家庭11509-11509:k567331
未知样本：家庭5180-5180:k8565
```
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