一个用于压缩分子动力学模拟的脚本，以便可以在web浏览器中用PCAViz可视化。
pcaviz-durrantlab的Python项目详细描述
卡维兹
简介
PCAViz是一个开源的Python/JavaScript工具包，用于共享和可视化
MD轨迹通过网络浏览器。我们根据
开源GNU通用公共许可证，版本2（参见LICENSE.md）。这个
这个包只包含工具箱的Compressor（Python）组件。看到了吗
http://git.durrantlab.com/jdurrant/pcaviz
完整的工具箱，包括JavaScript和WordPress组件。在
PCAViz压缩机（Python）
PCAViz压缩器是一个Python脚本，它使用有损压缩（即。， 主成分分析和其他策略）来处理轨迹。 压缩程序将此数据保存为一个缩小的JSON文件，该文件本身可以 使用GZIP等算法进一步压缩。在
下载
Git repository：
pcaviz-compressor-python/
如果您想下载压缩机而不下载（或克隆）
在整个存储库中，单击pcaviz-compressor-python.zip。在
您也可以通过pip安装PCAViz压缩机：
pip install pcaviz-durrantlab
可用用户参数
^{pr2}$使用示例
（注意：如果通过pip安装PCAViz压缩器，请使用全局pcaviz
命令代替下面的python PCAViz.py。）
- 在
从拓扑（1J8K）创建一个压缩的JSON文件_示例.psf)还有一个 轨迹/坐标（1J8K_示例.dcd)文件。
在python PCAViz.py --top_file examples/1J8K_example.psf --coor_file examples/1J8K_example.dcd - 在
PDB文件也可以包含多个帧。在本例中，相同的文件 用作拓扑和轨迹文件。
在python PCAViz.py --top_file examples/1J8K_example.pdb --coor_file examples/1J8K_example.pdb - 在
默认情况下，PCAViz只在输出中包含主干原子。这些 原子应该足够卡通风格的可视化。但你可以选择 你自己的原子也包括在输出中。{a3}学习} 如何构造原子选择字符串。
在python PCAViz.py --top_file examples/1J8K_example.pdb --coor_file examples/1J8K_example.pdb --selection "name *" - 在
跨越轨迹帧可以减少文件大小。PCAViz将 在其余帧之间插值以填充 失踪。这里我们只保留每隔一帧：
在python PCAViz.py --top_file examples/1J8K_example.pdb --coor_file examples/1J8K_example.pdb --stride 2 - 在
PCAViz允许用户控制压缩设置。两种设置是 可用。首先，用户可以指定累积方差的多少 应该由主成分来解释。PCAViz将选择 达到该目标所需的组件数量。第二，用户可以 指定PCAViz表示数值的精确程度（例如。， 主成分系数）。例如，这里我们告诉PCAViz 产生一个占方差80%的轨迹，并取整所有变量 输出JSON文件中的数字精确到百分位（两位小数 地点）：
在python PCAViz.py --top_file examples/1J8K_example.pdb --coor_file examples/1J8K_example.pdb --cum_var 0.8 --precision 2 - 在
要找到理想的--cum_var和--precision参数，您可能希望 检查PCAViz压缩轨迹与原始轨迹的匹配程度 弹道。您可以指示PCAViz输出一个CSV文件，该文件提供 两个轨迹的逐帧RMSD比较。这个选项 还输出一个XYZ轨迹文件，您可以将其与 原创的。
在python PCAViz.py --top_file examples/1J8K_example.pdb --coor_file examples/1J8K_example.pdb --check_accuracy - 在
默认情况下，PCAViz将压缩的JSON文件保存到同一目录中 坐标文件所在的位置。您可以指定不同的输出 目录（如果需要）。如果目录不存在，将创建该目录。
在python PCAViz.py --top_file examples/1J8K_example.pdb --coor_file examples/1J8K_example.pdb --output_dir "my_dir" - 在
出于调试目的，PCAViz还包含一个选项来测试 代码功能齐全。
在python PCAViz.py --test
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