用于评估给定表达表中通路基因的过度表达和不足表达
pathway-assessor的Python项目详细描述
路径评估员
作者
Boris Reva1，安娜·卡里纳万1
1西奈山伊坎医学院（美国）
概述
通过分子途径的活动来比较肿瘤有助于确定疾病驱动途径，
确定治疗干预的目标，并确定临床相关亚型和诊断生物标记物。
我们介绍了一种新的方法来计算代表性过高和代表性过低的分数来评估一个路径的
分别是激活和抑制。与ssgsea方法类似，我们假设通路活性可以
根据通路基因表达的排序，在不同样本间进行比较。
这种方法的新颖之处在于独立评估了Pathway的过度代表性和不足代表性。
来自给定样本的排名基因列表顶部和底部的基因。
安装
需要：python>；=3.6
要安装最新版本的PathwayAssessor，请运行：
pip install pathway-assessor
用法
要查看有关主要函数的更多信息，请访问ReadMe included with the package code。
import pathway_assessor as pa
pa.all()
pa.harmonic()
pa.geometric()
pa.min_p_val()
参考文献
- 芭比娃娃，D.A.等。“系统的RNA干扰揭示…”，自然。2009年11月5日；462（7269）：108-12。
- Abril Rodrigues，G.，Ribas A.，“快照：免疫检查点抑制剂”，癌细胞31，2017年6月12日。
- Aran，D.，Hu Z.，Butte，A.“Xcell:数字化描绘组织…”，基因组生物学。（2017）18:220。
贡献
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