有根系统发生树的祖先特征重建与可视化。
pastml的Python项目详细描述
pastml
pastml为祖先字符重建（acr）和可视化提供了快速方法 在有根的系统发生树上。给定一个有根树和它的节点注释，它可以将它们可视化， 或基于尖端状态推断祖先节点状态，并选择最大似然和吝啬方法。 然后将结果可视化为可缩放的HTML映射。
文章
Ishikawa SA，Zhukova A，Iwasaki W，Gaskuel O（2019）重建和可视化祖先场景的快速可能性方法。Molecular Biology and Evolution, msz131。
工作原理
有关pastml中使用的acr方法和可视化过程的详细说明，请访问我们的help page。
在线试用
尝试pastml在pastml.pasteur.fr
输入数据
作为输入，需要以newick格式提供rooted系统发生树， 一个包含尖端状态的表， 以制表符分隔（默认）或csv格式（使用--data-sep，选项指定）。
示例
您可以下载HIV1-A in Albania data作为示例。 假设树和注释文件在downloads文件夹中， 分别命名为albanian.tree.152tax.tre和data.txt。
data.txt是一个逗号分隔的文件，在第一列中包含提示ID， 以及第二列中的国家，即：
| id | Country |
|---|---|
| 98CMAJ6932 | Africa |
| 98CMAJ6933 | Africa |
| 96CMAJ6134 | Africa |
| 00SEAY5240 | WestEurope |
| ... | ... |
| 02GRAY0303 | Greece |
| 97YUAF9960 | EastEurope |
安装
在您的计算机上运行pastml有三种可选方法：使用docker、singularity或在python3中运行。
与Docker一起运行
基本用法
安装docker后，运行以下命令：
docker run -v <path_to_the_folder_containing_the_tree_and_the_annotations>:/data:rw -t evolbioinfo/pastml --tree /data/<tree_file.nwk> --data /data/<annotation_file.csv> --data_sep <separator_eg_,> --columns <column1 column2 ...> --html_compressed /data/<output_map.html>
例如，为了重建和可视化阿尔巴尼亚数据的祖先国家， 需要运行以下命令：
docker run -v ~/Downloads:/data:rw -t evolbioinfo/pastml --tree /data/Albanian.tree.152tax.tre --data /data/data.txt --columns Country --html_compressed /data/Albanian_map.html --data_sep ,
这将在下载文件夹中生成文件albanian_map.html， 可以用浏览器查看的。
帮助
要查看高级选项，请运行
docker run -t evolbioinfo/pastml -h
奇点运行
基本用法
安装singularity后，运行以下命令：
singularity run docker://evolbioinfo/pastml --tree <path/to/tree_file.nwk> --data <path/to/annotation_file.csv> --columns <column1 column2 ...> --html_compressed <path/to/output/map.html> --data_sep <separator_eg_,>
例如，为了重建和可视化阿尔巴尼亚数据的祖先国家， 需要运行以下命令：
singularity run docker://evolbioinfo/pastml --tree ~/Downloads/Albanian.tree.152tax.tre --data ~/Downloads/data.txt --columns Country --html_compressed ~/Downloads/Albanian_map.html --data_sep ,
这将在下载文件夹中生成文件albanian_map.html， 可以用浏览器查看的。
帮助
要查看高级选项，请运行
singularity run docker://evolbioinfo/pastml -h
在python3中跑步
窗口
对于windows用户，建议通过Cygwin environment安装pastml。 从cygwin包装中取出一龄python3和pip3。然后安装pastml：
pip3 install pastml
所有其他平台
您可以在有或没有conda的情况下为python安装pastml，步骤如下：
使用conda安装
安装conda后，使用python3为pastml创建一个环境，我们将其命名为pastmlenv:
conda create --name pastmlenv python=3
然后激活它：
source activate pastmlenv
然后在其中安装pastml：
pip install pastml
无条件安装
确保pyhon3和pip3已安装，然后安装pastml：
pip3 install pastml
命令行中的基本用法
如果您通过conda安装了pastml，请不要忘记首先激活专用环境（此处命名为pastmlenv），例如
source activate pastmlenv
运行pastml：
pastml --tree <path/to/tree_file.nwk> --data <path/to/annotation_file.csv> --columns <column1 column2 ...> --html_compressed <path/to/output/map.html> --data_sep <separator_eg_,>
例如，为了重建和可视化阿尔巴尼亚数据的祖先国家， 需要运行以下命令：
pastml --tree ~/Downloads/Albanian.tree.152tax.tre --data ~/Downloads/data.txt --columns Country --html_compressed ~/Downloads/Albanian_map.html --data_sep ,
这将在下载文件夹中生成文件albanian_map.html， 可以用浏览器查看的。
帮助
要查看高级选项，请运行：
pastml -h
Python的基本用法3
frompastml.acrimportpastml_pipeline# Path to the table containing tip/node annotations, in csv or tab formatdata="~/Downloads/data.txt"# Path to the tree in newick formattree="~/Downloads/Albanian.tree.152tax.tre"# Columns present in the annotation table,# for which we want to reconstruct ancestral states# (for Albanian data we only have one column, but multiple columns are also allowed)columns=['Country']# Path to the output compressed map visualisationhtml_compressed="~/Downloads/Albanian_map.html"# (Optional) path to the output tree visualisationhtml="~/Downloads/Albanian_tree.html"pastml_pipeline(data=data,data_sep=',',columns=columns,name_column='Country',tree=tree,html_compressed=html_compressed,html=html,verbose=True)
示例
有关想法，请参见examples folder：）
欢迎加入QQ群-->： 979659372
