并行递增地计算基本统计数据

parallel-statistics的Python项目详细描述


概述

此软件包收集工具,用于计算并行增量数据的加权统计信息,即多个处理器一次读取一个数据块。在

可用的工具有:

  • ParallelSum
  • ParallelMean
  • ParallelMeanVariance
  • ParallelHistogram
  • SparseArray

所有这些都假设mpi4py正在进程之间使用,并传递一个通信器对象(通常是mpi4py.MPI.COMM_WORLD)。在

安装

目前,您可以使用以下方法安装此软件包:

pip install parallel_statistics

文件

文档可以在https://parallel-statistics.readthedocs.io/找到

示例

这三个工具ParallelSumParallelMean和{}计算箱子中的统计信息,并为每个箱子添加数据。在

它们和ParallelHistogram的使用模式是:

  • 在每个MPI进程中创建一个并行计算器对象
  • 让每个进程读入自己的数据块,并使用add_data方法添加它
  • 完成后,调用collect方法以获得组合结果。在

下面是一个从HDF5文件中分离数据的示例,使用的是DESC断层扫描挑战。您可以单独运行它,也可以使用不同数量的处理器在MPI下运行,结果应该相同:

^{pr2}$

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