泛基因组的一种数据结构——基于成对序列相似性的单核和核心区识别

pancake的Python项目详细描述


pancake–用于pangenome分析的独立于注释的非数据库方法

pancake是一种非数据库方法,用于识别单核和核心区域。 在任意序列集中并且独立于注释数据。 基于成对序列相似性(由公共序列提供 对齐工具)pancake将pangenomes序列化为持久数据结构 提供进一步的分析和图形表示。 由于与编辑操作类似的子区域的顺序存储,存储要求 与纯序列数据相比,pancake的数据结构明显减少 (如fasta格式)。

版权所有(c)2013 Corinna Ernst<;corinna.ernst@uni-due.de>;(请参阅许可证)

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