高温超导数据的生物信息学管道
paleomix的Python项目详细描述
Paleomix管线是一套管线和工具，旨在帮助快速处理高通量测序（HTS）数据：BAM管线通过序列处理和校准处理一个或多个样本的解复用读取，以生成在下游分析中有用的BAM校准文件；系统发育管道对BAM路线文件进行基因分型和系统发育推断，这些文件可以使用BAM管道生成，也可以在其他地方生成；宗基管道对低覆盖率马路线进行一系列分析，以检测考古组合中是否存在F1杂交种。此外，古混血有助于提取物的亚基因组分析。
管道的设计考虑到了古代dna（adna），包括一些特别适用于古代样品分析的特征，但都可以用于现代样品的处理，以确保数据处理的一致性。
有关管道的详细说明，请参阅PALEOMIX网站和documentation；有关问题、错误报告和/或建议，请使用GitHub tracker，或通过MikkelSch@gmail.com联系Mikkel Schubert。
Paleomix管道已在《自然协议》中发布；如果您在工作中使用了Paleomix，请引用
Schubert M, Ermini L, Sarkissian CD, Jónsson H, Ginolhac A, Schaefer R, Martin MD, Fernández R, Kircher M, McCue M, Willerslev E, and Orlando L. “Characterization of ancient and modern genomes by SNP detection and phylogenomic and metagenomic analysis using PALEOMIX”. Nat Protoc. 2014 May;9(5):1056-82. doi: 10.1038/nprot.2014.063. Epub 2014 Apr 10. PubMed PMID: 24722405.
宗基管道已在《考古科学杂志》上发表；如果您在工作中使用了该管道，请引用
Schubert M, Mashkour M, Gaunitz C, Fages A, Seguin-Orlando A, Sheikhi S, Alfarhan AH, Alquraishi SA, Al-Rasheid KAS, Chuang R, Ermini L, Gamba C, Weinstock J, Vedat O, and Orlando L. “Zonkey: A simple, accurate and sensitive pipeline to genetically identify equine F1-hybrids in archaeological assemblages”. Journal of Archaeological Science. 2017 Feb; 78:147-157. doi: 10.1016/j.jas.2016.12.005.
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