oldowan.mitomotifs 1.0.2

安装说明

这个包是纯python的，没有标准之外的依赖项 图书馆。最简单的安装方法是使用 setuptools包。通常是这样的：

$ easy_install oldowan.mitomotifs

或者在类unix系统上，假设您正在安装到主python site-packages目录作为非特权用户，此：

$ sudo easy_install oldowan.mitomotifs

您还可以使用标准的python distutils设置方法。下载 从文件列表到本页底部的当前源存档， 把它拆开，然后安装。在MacOSX和许多其他类似Unix的系统上， 下载了存档并更改为包含此存档的目录 你的外壳，可能会像这样：

$ tar xvzf oldowan.mitomotifs*
$ cd oldowan.mitomotifs*
$ python setup.py install

快速启动

从oldowan.mitotimotis导入seq2sites和sites2seq：

>>> from oldowan.mitomotifs import seq2sites, sites2seq

将序列转换为站点：

>>> seq = """TTCTTTCATGGGGAAGCAGATTTGGGTACCACCCAA
GTATTGACTCACCCATCAACAACCGCTATGTATTTCGTACATTACTGCC
AGCCACCATGAATATTGTACAGTACCATAAATACTTGACCACCTGTAGT
ACATAAAAACCCAATCCACATCAAAACCCCCTCCCCATGCTTACAAGCA
AGTACAGCAATCAACCTTCAACTATCACACATCAACTGCAACTCCAAAG
CCACCCCTCACCCACTAGGATACCAACAAACCTACCCACCCTTAACAGT
ACATAGTACATAAAGCCATTTACCGTACATAGCACATTACAGTCAAATC
CCTTCTCGTCCC"""
>>> seq2sites(seq)

序列必须连续！序列的单独运行，如hvr1和hvr2 没有中间的序列间隔，必须单独分析。

也有一个边界的数量的矛盾地点（n）允许在 顺序。默认情况下，这是10-但这是一个可以设置的选项：

>>> seq2sites(seq, ambig_cutoff=20)

将变量站点列表转换为序列。默认的序列区域 返回的是超变量区域1（hvr1），即位置16024到16365 （以生物为基础的编号）：

>>> sites2seq('16129A 16223T')

预定义的序列区域是：

• HVR1:16024-16365
• hvr2:73-340
• hvr1至2:16024-340
• 编码：577-15992
• 全部：1-16559

因此，要将hvr2站点列表转换为序列：

>>> sites2seq('73G', region='HVR2')

站点也可以在列表中提供：

>>> sites2seq(['16129A', '16223T', '73G'], region='HVR1to2')

在给定空字符串、空列表或 字符串“rcrs”。以下各项都是等效的：

>>> sites2seq('')
>>> sites2seq([])
>>> sites2seq('rCRS')

通过将站点列表传递给 region选项：

>>> sites2seq('', region=[1,2,3])

python range函数对此很方便，但您必须记住 范围不包括其结束位置：

>>> sites2seq('', region=range(73,341))  # include 340, but not 341

发布历史记录

1.0.0（2008年8月16日）

模块的初始版本。

1.0.1（2008年8月22日）

为简化的hvr1站点（即16129a为129a）在站点2seq中添加新的“add16k”选项