一个轻量级的神经成像.nii-to.png转换器
nii2png的Python项目详细描述
用于python和matlab的nifti图像转换器（nii2png）
让opencv用户高兴吧，这是一个轻量级的neuroImaging.nii to.png转换器，实际上可以工作。
现在支持python3和matlab 2017b！
- 输入4d fmri或3d mri nifti文件（即brain.nii）
- 旋转图像的方向
- 自动为每个卷中的每个切片创建.png文件。
- 自动使用图像的切片和卷名（即brain_t001_z001.png等）重命名图像。
- 自动将所有图像移动到工作目录中选定的文件夹中。
与其他工具不同的是，这只是起作用。
环境
- Python 3.7（或Matlab 2017b）
Matlab用法
- 将脚本添加到路径中。只需输入并按回车键即可运行它：
nii2png
- 选择工作目录。
- 选择你的俏皮图片。
- 如果愿意，请旋转图像：
>> Would you like to rotate the orientation? (y/n)
>> y
>> OK. By 90° 180° or 270°?
>> 90
- 让它跑吧。
- PNG文件现在位于工作目录的PNG文件夹中。
下载NII2PNG for Matlab 2017b
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python设置
模块
- scipy
- 舒蒂尔
- 操作系统
- 尼伯贝尔
- 努比
基本设置
对于没有python、pip或模块的用户，只需打开terminal并键入以下命令，然后按enter。
- 安装自制程序
/usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"
- 安装python 3
brew install python3
- 安装PIP
sudo easy_install pip
- 安装插件
pip install scipy
pip install shutil
pip install os
pip install nibabel
pip install numpy
下载用于python的nii2png
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权限
在UNIX系统上，可以使用以下过程使Python脚本可执行：
$ chmod +x nii2png.py
可选：您还可以将nii2png.py移动到bin目录中，它将可以从任何地方运行。
python用法
- 让我们运行文件并开始转换图像！请确保输出文件夹以斜线结尾，以避免出现错误。
$ python3 nii2png.py -i <inputfile> -o <outputfolder>
或
$ python3 nii2png.py --input <inputfile> --ouput <outputfolder>
提示：您可以将文件/文件夹拖放到终端窗口中，而不是键入路径
- 如果愿意，请旋转图像
$ Would you like to rotate the orientation? (y/n) y
$ OK. By 90° 180° or 270°? 90
示例
使用“更改目录”命令
$ cd ~/images/
$ python3 nii2png.py -i brain.nii -o png/
具有完整路径
$ python3 /users/ernie/images/nii2png.py -i /users/ernie/images/brain.nii -o /users/ernie/images/png/
有长选项
$ python3 /users/ernie/images/nii2png.py --input /users/ernie/images/brain.nii --output /users/ernie/images/png/
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