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关于nii 相关联的Python项目和问题：

将字典键/值pai的单引号转换为双引号

我有一个单反逗号键值对的词汇表，如下所示： filename = 'sub-310621_task-EMOTION_acq-LR_bold.nii.gz' intended_for ={"Intend ...

2024-05-29 已阅读: n次

numpy数组形状中图像数据的维度顺序是什么？

我正在使用nibabel库从nii文件加载数据。我在http://nipy.org/nibabel/gettingstarted.html阅读了lib的文档，发现 This informatio ...

2024-05-29 已阅读: n次

将itk（nifti文件）转换为polydata图像（.vtk）

我正在使用nifti格式（.nii）的MRI数据库，但我想将它们转换为polydata图像.vtk。我使用了许多不同的方法：像miconv、itksnap，我下载vtk、itk和itkvtkglue ...

2024-05-29 已阅读: n次

在python中裁剪卷（2D切片的堆栈）

我有一组3D数据（MRI的体积）.nii图像，形状为98×240×342（98:slices，240:W和342:H）。卷的大小各不相同。我想以一种方式对所有的卷进行中心裁剪，若宽度或高度小于256， ...

2024-05-29 已阅读: n次

通过nipype进行的调情注册不运行（google colab）

我试图在谷歌Colab中执行调情注册vi nipype包，但我不知道如何修复它。如果有人知道如何修理它，请帮助我 !pip install nipype from nipype.interfaces ...

2024-05-29 已阅读: n次

sh.中压（）不存在

我正在尝试使用sh.mv("*.nii", "./zipfile")将某些文件移动到python中的另一个文件。如您所见，我想将所有以.nii结尾的文件移到同一目录中的zipfile文件夹中。 zi ...

2024-05-29 已阅读: n次

是否可以将三维阵列转换为坐标系？

是否可以将3D阵列转换为坐标系？我的数组由0和1组成。如果该值为1，我希望采用xyz坐标。最后，我想将所有坐标输出到csv文件 import nibabel as nib coord = [] im ...

2024-05-29 已阅读: n次

插值/调整3D数组

我有一个3D阵列，里面有来自mri数据集的体素。模型可以沿着一个或多个方向拉伸。E、 g.体素大小（x，y，z）可以是0.5x 0.5x2 mm。现在我想重新采样的三维数组成一个数组持有1，1，1毫米 ...

2024-05-29 已阅读: n次

"Nipype数据获取器：实例的'in_file'属性必须是一个已存在的文件名，但指定了一个<class 'list'>的值"

我正在尝试建立一个规范化/协同注册的工作流。这是我的数据抓取器 data_grabber = Node(interface=DataGrabber(infields=['subject_id'], ...

2024-05-29 已阅读: n次

使用nibab合并多个MRI图像时复制页眉

我收到了单个功能磁共振成像（fMRI）的多个Nifti图像，其中每个容积扫描都保存在一个3D Nifti文件中。这些被命名为“foobar_001.nii”、“foobar_187.nii”。我想合并 ...

2024-05-29 已阅读: n次

如何在Python中循环浏览3D NIFTI图像

在我正在做的一个项目中，我想写一个脚本来计算核磁共振图像的总脑容量，格式为nifti（.nii扩展名）。我不知道该怎么做的是循环遍历所有单独的体素并提取其中的整数数据。有人知道怎么做吗？在这是我用来 ...

2024-05-29 已阅读: n次

Pandas在多个条件下丢弃重复项

我有一个数据集，我想根据某些条件删除重复项。在例如，假设我有一张桌子 ID date group 3001 2010 DCM 3001 2012 NII 3001 ...

2024-05-29 已阅读: n次

staple

同时实现真值和性能级别的python 生成地面真体积的估计（stamp）算法一组二进制分段。订书钉算法在 S. Warfield, K. Zou, W. Wells, Validatio ...

2024-05-29 已阅读: n次

DeepRad

深度rad 这个项目是为了开发与使用深度学习的医学成像相关的软件。deeprad有两种不同的模式（快速使用和开发模式），分别针对不同的目标和不同编程水平的研究人员。 Deeprad的特点是使用CNN进 ...

2024-05-29 已阅读: n次

dcmrtstruct2nii

dcmrtstruct2nii DICOM RT结构到NII掩码 cli工具 # install using pip and show tool help pip install dcmrtstruc ...

2024-05-29 已阅读: n次

sfDM

一个值得一去还等等着的一去还等着的一去还等着的一去还等着的一去还等着的一去还等着还等着的一去还等着的一去还等着的一去还等着还等着的一去还等着的一去还等着还等着的一去还等着还等着的一去还等着呢，一去还等 ...

2024-05-29 已阅读: n次

bonndit

邦迪特 bonndit包包含波恩大学开发的最新扩散成像工具。这一早期版本的重点是我们使用约束高阶张量fodfs进行单组织和多组织反褶积的框架。此外，还包括扩散峰度（dki）模型的拟合程序。随着 ...

2024-05-29 已阅读: n次

nii2png

用于python和matlab的nifti图像转换器（nii2png）让opencv用户高兴吧，这是一个轻量级的neuroImaging.nii to.png转换器，实际上可以工作。现在支持pyt ...

2024-05-29 已阅读: n次