从变异目录中提取变异签名
new-sigproextractor的Python项目详细描述
sigprofilerextractor
sigprofilerextractor允许从以矩阵格式生成的数据中重新提取变异签名。 该工具识别了操作变异信号的数量、它们在每个样本中的活动以及概率。 对于每一个导致癌症样本中特定突变类型的特征。该工具利用sigprofilermatrix生成器 以及SigProfilerPlotting。
安装
在命令行中，请键入以下行：
$pip install sigproextractor
从命令行/终端安装所需的参考基因组，如下所示（可用的参考基因组为：grch37、grch38、mm9和mm10）：
$ python
>> from SigProfilerMatrixGenerator import install as genInstall
>> genInstall.install('GRCh37')
这将安装人类37号染色体作为参考基因组。你可以安装任意数量的基因组。
打开一个python解释器并导入sigprofilerextractor模块。请参阅函数的示例。
功能
导入数据
Imports the path of example data.
importdata(datatype="matobj")
Example:
-------
>>> from sigproextractor import sigpro as sig
>>> data = sig.importdata("text")
This "data" variable can be used as a parameter of the "project" argument of the sigProfilerExtractor function.
To get help on the parameters and outputs of the "importdata" function, please write down the following line:
>>> help(sig.importdata)
sigprofilerextractor
Extracts mutational signatures from an array of samples.
sigProfilerExtractor(input_type, out_put, project, refgen="GRCh37", startProcess=1, endProcess=10, totalIterations=8,
cpu=-1, hierarchy = False, mtype = ["default"],exome = False, indel_extended = False)
Examples
--------
>>> from sigproextractor import sigpro as sig
>>> data = sig.importdata("vcf")
>>> sig.sigProfilerExtractor("vcf", "example_output", data, startProcess=1, endProcess=3)
Wait untill the excecution is finished. The process may a couple of hours based on the size of the data.
Check the current working directory for the "example_output" folder.
To get help on the parameters and outputs of the "sigProfilerExtractor" function, please write down the following line:
>>> help(sig.sigProfilerExtractor)
版权所有
作为SigProfiler项目的一部分，本软件及其文档具有2018年版权。SigPrimeReloStudio框架是免费软件，并被分发，希望它是有用的，但没有任何保证；甚至没有隐含的保证适销性或适合特定用途。有关更多详细信息，请参阅GNU通用公共许可证。
联系信息
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