管理Galaxy中的用户、工具和库
nebulizer的Python项目详细描述
快速启动
这个快速入门提供了一些使用 雾化器 命令的示例 从中对Galaxy实例执行远程管理任务 命令行。
获取雾化器
建议通过 pip 在virtualenv中安装雾化器, 例如:
% virtualenv .venv; . .venv/bin/activate % pip install nebulizer
这将提供一个名为 雾化器的可执行文件 用于在银河系上远程执行不同任务的子命令 实例。
雾化器基础知识
要使用雾化器与银河系实例进行远程交互,需要 至少是实例的url,然后是api密钥或 用户登录名。
例如列出Galaxy Main上可用的数据库:
% nebulizer -k 9b376af2250818d14949b3c list_libraries https://usegalaxy.org
或:
% nebulizer -u peter.briggs@manchester.ac.uk list_libraries https://usegalaxy.org
(在第二种情况下,雾化器会提示输入星系 验证用户登录的密码。)
每次运行命令时指定完整的api密钥和galaxy url 很乏味,所以雾化器可以在本地存储url密钥对来实现 更容易。
例如,存储galaxy main的api密钥:
% nebulizer add_key main https://usegalaxy.org 9b376af2250818d14949b3c
存储api密钥和url对,并将其与别名 main
或者,如果用户 而是提供登录名,例如:
% nebulizer -u peter.briggs@manchester.ac.uk add_key main https://usegalaxy.org
然后,可以使用存储的别名替换URL 正在后台获取存储的API密钥。然后列出 再次使用数据库,只需执行以下操作即可:
% nebulizer list_libraries main
要查找与别名关联的用户,请执行以下操作:
% nebulizer whoami main
以下部分包含了雾化器可能是 用于执行各种管理驱动任务。
管理用户
列出与特定名称匹配的用户:
nebulizer list_users galaxy --name="*briggs*"
添加新用户:
nebulizer create_user galaxy -p pa55w0rd a.non@galaxy.org