nebgbhist 0.0.5

内布拉希特

用于从多个genbank文件生成注释历史记录的工具。

示例

$ mkdir gbhist
$ neb-rev-fetch -d gbhist NC_008512
$ neb-gbhist -d gbhist | neb-diff-apply NC_008512.git
$ git --git-dir=NC_008512.git gc --aggressive
$ neb-validate-history -p NC_008512.git -g gbhist/2009-04-29-04-04.gbk

播放文件

如果在构建之后克隆包存储库，可以在 文件系统上的内容。对于具有大量编辑的较大基因组，这可能会运行 在重写对象存储之前不受目录项限制。对于 carsonella（nc_008512）我使用的示例没有问题。

$ git clone NC_008512.git
$ cd NC_008512
$ ls -1
accession  dblink     keywords   objects/   seq/       version
comment    definition locus      ref/       source

根目录中的文件表示genbank文件中定义的关键字。这个 ref和seq子目录包含有关引用和序列的信息 大麻。objects目录列出了历史记录中的功能。文件 objects/known和objects/alive是指向 在给定位置的功能的当前版本。活动功能包括 任何未被删除或替换为新版本的内容。

我建议您使用nebpack.pack对象，如果您真的想这样做的话 任何有物体的东西。