naga-gwas 0.4.1.post2

网络辅助基因组分析（NAGA）

网络辅助基因组分析（NAGA）重新确定了重要的 用网络扩散方法研究基因的核苷酸多态性 包括随机游走和热扩散。

可以在http://nbgwas.ucsd.edu/找到一个配套的网站和rest api。

文档

一个已读的文档页面即将到来！同时，您可以查看 通过在文档中构建狮身人面像文档 目录。只需在“文档”文件夹中运行以下命令

make docs

打开docs/build/html目录中的index.html。

安装

建议在Anaconda下运行naga，使用conda手动安装python-igraph 并创建新的conda环境

创建新的conda环境并激活它：

conda create -n nagaenv
source activate nagaenv

如果要在jupyter笔记本中使用naga，则需要添加jupyter内核。这样做：

# Make sure to activate the environment first!
conda install ipykernel # or pip install ipykernel
python -m ipykernel install --user --name nagaenv --display-name "Python (Naga)"

通过conda安装python-igraph：

conda install -c conda-forge python-igraph

通过pip安装naga：

pip install naga-gwas

教程

notebooks/tutorial.ipynb演示如何在使用此包之后 已安装。

引用naga

即将出版…